1937年8月23日陈独秀提前获释。他曾向中国共产党表示支持，共产党也曾发表文章《陈独秀先生到何处去》，并曾提出只要陈可以承认当年的错误就可以恢复党籍。但陈拒绝认错后，王明、康生等人在一些共产党的刊物上说陈独秀接受日本津贴，做“日特汉奸”，陈写信驳斥，虽然事件没有进一步发展下去，但两者关系已经恶化。王明失势后，周恩来曾多次托人劝说陈独秀去延安，均被拒绝。陈独秀为此对好友说，党内的熟人都已经离去或逝去，现在对共产党已不熟悉。

此后他拒绝出任劳动部长，拒绝蒋介石出资让他组织“新共党”，拒绝胡适的邀请去美国，拒绝谭平山要他出面组织第三党的建议。

先后住在武汉、重庆。在重庆住院时，周恩来、朱蕴山都去医院看望过他，周恩来更资助他100银元，都被他拒绝。实际上当时他仅靠微薄稿费收入支撑，最后更被赶出医院。陈最后长期隐居在四川江津，以教书为生，保持低调，而且转向了自由主义。此后对文学和民主发展，继续当年在狱中的研究，特别对斯大林时代的反思，也被后人认为难出其右者。

1942年5月27日陈独秀因病于四川江津鹤山坪石墙院逝世，享年63岁。