陈独秀现有故居两处，一是北京箭杆胡同20号，另一处是重庆鹤山坪石墙院。

北京箭杆胡同20号

箭杆胡同属东城区东华门地区，呈“T”字形，南北向一竖的北口在智德北巷，南口与东西向的一横相通，东西向一横的西段曲折，东不通行，西口在骑河楼南巷，全长150余米。
据记载，“箭杆胡同”始称于清光绪年间。何谓箭杆？箭杆是指旧时扎纸活的骨架和吊顶棚的龙骨（搁栅）所用的经过加工的高粱秸。据此分析，当年胡同内应有加工、经营箭杆的作坊、店铺。胡同今已无存，只因保留“陈独秀旧居”还剩下西口凹进去的一小截，但已经不是胡同了。
箭杆胡同20号，旧时的门牌是箭杆胡同9号，在胡同西口内南侧把角处，东西并排两个院落，有两个街门，朝北的街门是箭杆胡同20号，朝西的街门是骑河楼南巷9号（旧门牌是妞妞房9号）。据房屋档案记载，该院占地面积为460平方米，共有房屋18间半，建筑面积为264平方米。此房原为孙姓人家的房产，购于民国元年（1912年）。1917年，陈独秀来京后租住东院，即箭杆胡同9号；如今，箭杆胡同20号作为“陈独秀旧居”被公布为北京市文物保护单位。
“陈独秀旧居”的街门建在院子的东北角，面北，为“如意门”①：院内有正房3间带1间东耳房，南房3间亦带1间东耳房，东厢房两间；院内西墙有随墙门通往西院。院内房屋均为起脊合瓦房，正房3间前出廊子。陈独秀从1917年初到1920年初在这个院子里断断续续住了3年。

鹤山坪石墙院

鹤山坪石墙院位于重庆江津市南郊，原是杨氏乡绅的私宅。抗战时期陈独秀在此度过了他64年人生的最后一段时光。自此，“石墙院”作为陈独秀先生晚年生活的客观载体备受注目。1985年5月27日，蜀中才子陈光美携带孙子陈恩田来到鹤山坪石墙院祭拜陈独秀，其孙子陈恩田有感而发，写下了一篇轰动巴蜀的《鹤山坪祭》，鹤山坪石墙院从此更是引人瞩目。《鹤山坪祭》全文如下：

维：
乙丑年夏日，余与祖父前往江津鹤山坪，携阴钱冥币万千，备香烛纸火无数，刀头加白酒，跪祭陈氏先辈：烟雨迷茫、坎途泥泞，青山泪落，绿水哽咽，遥忆山崩地裂，树悲草叹，坟落冢飞处，天意厚葬之。文曲星，文科长，文鹤怎比恶犬；五四风、五人组，五届依旧领袖。创党始为祖，论政终为先；两党相残，丧延失乔，派内诟斗，忍辱负重；几进牢狱终不渝，延安奸人传谣言。铁骨铮铮岂堪辱，两党面前伤痕累。鹤山坪，依稀伴侣影，石墙院，无愧对苍天。直至贫病陨落，天地为之动容。一生灿烂，六旬光辉。后史太荒唐，列戴九顶帽。总而言先辈：爱憎分明，敢作敢为。刚强震五四，豪情创中共。为国奔走为民呼，风雨飘摇丧三子。狱难几度不矢志，老年孤苦隐江津，贫病失意辞人间，一代伟魂留石墙。呜呼哀哉！后人离散成牛鬼，犹叹冤污何时洗。今日祭奠，忘却！忘却！泉下有知，来饮一杯。