湖州宗教主要有佛教、道教、基督教、天主教。明清时，湖州府设僧纲司、道纪司，各县设僧会司、道会司，掌管府县佛教、道教事宜。解放初期，湖州市民政科负责管理佛教、道教，文教科负责管理基督教、天主教，有的县由统战部负责管理。１９５８年，嘉兴专署建立宗教事务科。党的十一届三中全会后，各县(市)人民政府先后建立宗教事务处(科)，１９８４年，湖州市人民政府建立民族宗教事务处，２００５年升格为一级局(湖州市民族宗教事务局)，加强对宗教的管理和领导。
佛教：三国赤乌年间(２３８－２５０)，佛教传入永安县(２８２年改名武康县——今德清县境内)。东晋咸和年间(３２６－３３４)，德清建半月庵。无嘉年间 (４２４－４５３)初僧法瑶居武康小山寺，讲经说法，学者负笈笑盈衢。南齐时，比丘尼道迹得法于禅宗东土初祖达摩，佛教禅宗传入湖州，道迹居弁山诵《法华经》２０年，卒后，梁普通二年(５２１)敕置法华寺(又名白雀寺)。唐宋时，湖州高僧辈出，著述甚多，释道宣(长兴人)撰《唐高僧传》，释赞宁(德清人)撰《宋高僧传》。佛教３部高僧传，湖州学僧撰写２部。著名诗僧皎然(长兴人)，著《儒释交游传》及《内典类聚》４０卷，释道宣创佛教戒律宗，此宗对湖州影响较大，唐证圣(６９５)中，释子禹在长兴创大云道场，唐开元七年(７１９)湖州佛川寺释慧明，习学《律藏》后在上层有较大影响，弟子有刺史卢幼平、颜破卿、独孤问俗、杜位、裴清等。以念佛为特征的净土宗，北宋时己在湖州地区盛行，乌程县嘉会寺每年清明时节组织１０万信徒念佛，居士姚约在新市觉海寺组织净业社念佛。南宋绍兴二年(１１３２)，由释净梵劝募，观察使王永从捐，在归安县思溪圆觉寺雕印《大藏经》，全藏５４８函，５４８０卷，史称《圆觉藏》，淳熙二年(１１７５)，湖州资福禅寺又刻《大藏经》，全藏５９９函，５９４０卷，史称《资福藏》。宋代共刻６部汉字大藏经，其中湖州有２部。南宋时，道场山万寿寺定为禅宗“五山十刹”之一，成为全国性的大刹。明隆庆(１５６７—１５７２)年间，净土宗第八祖、明代佛教四大家之一的祩宏，在乌程县南浔苦修３年。释智旭受戒后不久，入孝丰县灵峰寺，潜心著述。在佛教理论上融会诸宗，归极净土，创净土宗灵峰派，著述分宗论与释论两类，前者有《灵峰宗论》１０卷，后者包括《阿弥陀经要释》等４７种，１９１卷，智旭与真可、祩宏、德清齐名，是明代佛教四大家之一，信徒奉为净土宗第九祖。清代，据同治《湖州府志》载，湖州府有佛教寺院、庵堂５４９座，其中：乌程县１７７座，归安县８８座，长兴县９０座，德清县４８座，武康县７４座，安吉县２４座，孝丰县４８座。民国２５年，据《浙江新志》载，佛教信徒吴兴县有５１３９８人，长兴县５００９６人，德清县８６２２人，武康县３９４人，安吉县２４６人，孝丰县２５３人。
解放后，大部分僧尼还俗。据１９５５年４月统计，湖州市有僧尼６４人，吴兴县有１１４人。僧竹梵、恒森、自安、馥馨等佛教界人士当选为人民代表和政协委员。恒森法师先后出席浙江省第一届、第二届佛代会，馥馨、自安法师出席浙江省第三届佛代会。６０、７０年代，由于极“左”路线干扰，宗教信仰，当作迷信活动进行批判或限制活动。党的十三届三中全会后，拨乱反正，１９９２年５月，成立湖州市佛教协会，协助党和政府贯彻宗教政策。１９８４年，道场山万寿寺开放，并先后修复观音殿、客楼、千佛碑廊、山门、放生池、斋堂、藏经楼等。　１９８７年和１９８９年，又开放白雀法华寺、毗山慈云寺，使佛教徒有固定的活动场所。　１９９０年，全市有僧３２名，尼７名。２００５年，全市开放佛教场所有７５所，僧有１８１人，尼２０人。
道教：湖州道教始于东晋，时道士葛洪(２８４－３６４)在湖州炼丹。据《职方图志》载：“葛仙炼丹处天下有十三，乌程县其一。”湖州城南５０里的葛仙山便是葛洪炼丹之处。咸康元年(３３５)，道教徒在长兴建冲真观。元嘉 (４２４－４５３)时，吴兴东迁陆修静弃家修道，为湖州金盖山梅花观开山祖师，他在金盖山著《斋戒仪范》１００卷。南朝齐永明二年(４８４)，道教徒在武康建崇福宫，在孝丰北创集仙宫。北宋道士沈恩，居归安县东林山，相传是吕洞宾的好友，沈在东林山建回仙观。清道士闵苕敷，拜高东篱为师，成为全真龙门派正宗第十一弟子。嘉庆元年(１７９６)，闵对金盖山梅花观进行扩建，更名为纯阳宫(又名古梅花观)，闵在纯阳宫设坛传宗，辈分以“一阳来复本，合教永圆明”十字排列。纯阳宫是总坛，下有分坛１０余，湖州城区有依云坛、遗云坛、荫云坛、菱湖有还云坛，双林有正心坛、织里有万云坛、下昂有活云坛、荻港有怡云坛、东林有占云坛，长兴县有步云坛、彩云坛、玄云坛，安吉县孝丰有锦云坛，德清县城有梵云坛，嘉兴、上海等地也有分坛，道士闵苕敷对气功有研究，著有《古书隐楼丛书》，对道教史也有研究，曾编辑《道藏续编》第一集，还撰写了《金盖志略》和《金盖心灯》。晚清时，据同治《湖州府志》载，湖州府有道观５５座，其中乌程县１４座，归安县１２座，长兴县５座，德清县８座，武康县７座，安吉县４座，孝丰县５座。民国２５年(１９３６)，据《浙江新志》载，吴兴县有道教徒７４２人，长兴县４３５人，德清县１２５人，武康县１４１人，安吉县６３人，孝丰县４４人。
解放后，大部分道士还俗。据１９５５年统计，湖州市有道士１６名，吴兴县３２名，长兴县６７名。党的十一届三中全会后，落实宗教政策，１９９７年９月，成立湖州市道教协会，同时开放金盖山纯阳宫(古梅花观)，使道教徒有自己的组织和活动场所。１９９０年，全市有道士１７名。２００５年，全市开放道教场所有４３处，道士有４５人，道姑２人。