2013年1月，灌云县乡镇由原来的19个调整为13个，依次为：伊山镇、侍庄乡、东王集乡、图河乡、杨集镇、同兴镇、下车乡、南岗乡、四队镇、龙苴镇、圩丰镇、小伊乡、燕尾港镇。
乡镇 直辖
伊山镇 12个居委会（新村、镇西、西门、建设、曙光、繁荣、朝阳、青龙、城南、胜利、东门、城北）；20个村委会（河东、小园、方徐、郑庄、王圩、山西、山前、任庄、披墩、刘庄、张湾、官路、三庄、新华、桃垛、向阳、彭洼、朱韩、港西、七里松、川星）；县农场虚拟村委会。
杨集镇 1个社区居委会（三星）；24个村委会（城西、城东、利华、镇东、镇北、五福庄、邵庄、封圩、连成、学田、界南、蒋庄、孙跳、农旭、广丰、孙小港、庄场、方庄、顺兴、新安、长流、曙光、同杨、萌旭）。
燕尾港镇 3个居委会（燕尾、新建、团港）；2个村委会（三百弓、开山岛）。
同兴镇 2个社区居委会（同兴、新兴）；14个村委会（闸南、永进、徐庄、金跳、小圩、龙王口、头队、先进、团荡、马沟、张宝山、山北、鲁南、亚芦）。
四队镇 2个社区居委会（街东、街西）；12个村委会（二队、老西、大东、隆兴、三队、中心、二段、界北、三沟、腰南、付岔、中南）。
圩丰镇 1个居委会（支中）；18个村委会（圩丰、大兴、小兴、太丰、洋桥、尹场、永兴、周庄、支沟、东圩、海堤、界圩、三张犁、圩南、直亭、芦场、许庄、南华）；洋桥农场虚拟村委会。
龙苴镇 1个社区居委会（龙苴）；15个村委会（龙东、古城、唐桥、王荡、祝墩、大贺、胡河、青墩、石门、杨范、嵇岭、范庄、前埠、后埠、南李）。
鲁河乡 14个村委会（后腰庄、北六队、正兴、民治、南兴、鲁河、沈场、沈杨庄、兴二、吴赵庄、兴三、双闸、兴五、兴四）。
图河乡 19个村委会（三舍、九段、七道沟、义民、官场、李庄、和平、杜圩、马屯、南港、八道沟、腰庄、图河、大兴沟、许大沟、安福、朱庄、兴隆、董庄）。
下车乡 17个村委会（下车、岳河、刘圩、长春、席圩、沙行、前门、上车、董跳、柴市、仲集、顾圩、林庄、印庄、青山、彭渡、胡圩）；仲集苗圃虚拟村委会。
东王集乡 21个村委会（直属、东湾、兴春、韩圩、杨圩、合兴、法科、任圩、焦荡、黄杨、六里、小垛、后河、伊东、元邦、条河、大南、盐东、封庄、蒋圩、盐河）。
侍庄乡 16个村委会（树云、朱胥、于庄、陆庄、三合、季窑、裕峰、瓦房、厉荡、常荡、朱埝、沈庄、乔圩、吴王、孙荡、侍圩）。
小伊乡 19个村委会（董集、张葛、河西、唐庄、花厅、祝荡、吴郑、小茆、洪河、千斤、伊北、大孙、小伊、伊南、杨树圩、张徐、盐西、后场、祝庄）；果林场虚拟村委会。
南岗乡 15个村委会（南岗、岗北、大新、小陶、大杨、梁荡、岗南、南于、赵庄、袁姚、潘洼、岗东、龙昌、东于、岗西）。