辛亥革命前后，曾在东京任《政闻社》总务员。因其德高望重，孙中山将他聘为南京第一任市长，此时他以七十高龄了。没过多久，南京撤销设市。[1]马相伯转任江苏都督府内务司长并代理都督，在北京曾代理北京大学校长，任北京政府政治会议议员、参政院参政、平政院平政等职。在这期间， 曾与章太炎、梁启超等发起创办“函夏考文苑”，与英华（字敛之。后为辅仁大学校长）创办辅仁社（即后来的辅仁大学）和培根女校。民国3年（1914年），马相伯子君远病故，学生们鉴于马公毁家兴字，家无余资，遂筹集万元为其寡媳、幼孙作教养费，马相伯却托人将该款移作启明女子中学（今第四中学）教育经费。袁世凯称帝后，他痛加抨击，认为“天下之大盗，莫大于君主”。民国6年（1917年）南归，隐居徐家汇土山湾（后名其居所为绿野堂、乐善堂），著书谈道，不问世事。

1925年，罗马教廷在中国创办北京公教大学，次年改称辅仁大学。马相伯参与其事，贡献良多。他寄语辅仁大学：“齐驱欧美，或更驾而上之。”

晚年时光

自1932年11月起，他连续四个月发表了12次国难广播演说。

民国26年（1937年）11月上海沦陷，日本侵略军逼近南京，冯玉祥、李宗仁劝马相伯移居桂林风洞山。次年，应于右任请，入滇、蜀，道经越南谅山，因病留居。民国28年是他百岁诞辰，4月6日全国各地和有关团体都举行遥祝百龄典礼。国民政府对他颁发褒奖令，中共中央特致贺电，称他为“国家之光，人类之瑞”。他给上海复旦同学会的亲笔信有“国无宁日，民不聊生，老朽何为，流离异域。正愧无德无功，每嫌多寿多辱！”语。他以前方将士浴血抗战劳苦为念，把各方赠与的寿仪移作犒慰伤兵 之用。还被任命为国民党政府委员。他在病重时，忧国忧时之情更深。他说：“我只是一只狗，只会叫，叫了一百年，还没有把中国叫醒！”10月20日，他得知湘北大捷，兴奋异常，夜不能寝，病势加剧，11月4日溘然长逝。噩耗传出，举国哀悼。遗有《马相伯先生文集》。