针对摩崖造像的北岩和西岩由于裂隙切割形成危岩体和裂隙渗水的实际情况，采用了预应力锚杆锚固和裂隙灌浆粘结加固相结合的方法，进行了第一期危岩体加固防渗排水工程，提高了岩体的抗震、抗滑及抗倾覆稳定性，减弱了渗水的渗透性。
按“四有”工作要求落实了保护措施，请南江水文地质大队进行了地质初勘，对部分岩段增设了防雨檐并设置安全护栏，征用了石刻区域的部分土地并将区域内的农户外迁。建立了管理用房。
主要完成部分重庆市级文物保护单位的保护规划和维修设计，保护规划完成2处，维修设计6处，其中重庆市级4处，江津市级2处。
委托中国文物研究所完成的经堂石质保护设计方案，完成金堂和杨来霖墓结构归安及防渗处理工程。
“十五”期间对其进行了初步的维修，投资120万元。
采取了加固柱、檩等简单措施。
“十五”期间对其进行了初步的维修，投资20万元。
三峡工程淹没区涉及该遗址的外围部分，1999年以来进行过小规模的发掘。
对打捞的古钱币正在进行分类整理。
对抢救性清理出土的文物进行了少批量的简易修复。
钓鱼城、涞滩二佛寺、板桥寺、净果寺、文峰塔五处文物保护单位，以及合川市文物保管所区内古建筑和文物库房配备有消防设施和器材。
完成石门大佛寺下架大修工程。完成大佛寺正面堡坎修建加固。
合川市人民政府已在市区预留了100亩土地作为博物馆建设用地，规划部门对博物馆的建设已做了规划。
对一些断裂或破裂的瓷器、陶器进行了粘合。
共征集流散文物432件套，耗资57万元。
制定了文物库房建设方案，合川市财政拨款20万元，合川市文物保管所自筹10万元作为建设资金。