主要存在的问题

山门、围墙加固维修；梁架牮正；修复屋脊和鸱吻，更换糟朽檩、桷、柱、枋，翻盖小青瓦；修复木装壁和门窗，补雕撑弓和雀替；加固基础，修复石板地坪；木作全油漆。维修经费共需72 万元。
因年久失修，台基局部损毁，柱架向西偏斜，部分梁枋脱榫，屋面漏雨，木基层部分糟朽腐烂，屋脊部分断裂。
城南危岩及始关门滑坡亟待治理、坍塌的西北城墙遗址需要修复、护国寺古建筑群抢救性维修迫在眉睫、摩崖石刻和碑记等珍贵文物急需资金有效保护、遗址上环境的治理和馆藏文物的保护及展示工作严重滞后。
对摩崖造像进行第一期危岩体加固防渗排水工程时，由于经费的原因，仍有部分危岩体存在，渗水的渗流途径也未从根本上断绝，导致石刻的风化破坏不能得到根除。
因受风雨作用，石刻造像风化剥蚀严重，多段岩体底部被溶蚀透空，加以裂隙交切，岩体崩塌达30 余米，险情十分严重。
缺乏系统性的保护维修，故保护维修盲目性很大。
祖师殿屋面塌陷、经堂石质风化严重，一些承重石梁发生了断裂，已有垮蹋的危险。
由于年久失修，桥栏杆、栏板等石质构件风化严重，一些石刻碑文风化起鼓，粉化现象严重。
完善保护规划和整体修复设计方案。对该古建筑整体进行修缮，在保持文物“整旧如旧” 的原则上，恢复清源宫原有风貌，并对周边环境进行整治。
由于年久失修，屋面毁坏严重，椽子断裂较多，且由于鸟类和白蚁的破坏，一些建筑构件毁坏脱落。另也存在装饰颜料脱落，分份梁架歪闪的险情。
由于文革中被毁坏掩埋的石刻造像现逐步被发现并暴露在外，风化、雨蚀现象严重，存在着严重的被盗被毁的完全隐患。
现该建筑群由于年久失修，部分建筑已垮塌。
年久失修，部分土墙硝化严重，木柱、檩、桷等均被虫蛀、变形，2001 年经鉴定为危房。
主体建筑虽保护基本完好，但部分土墙现硝化严重，木柱、檩、桷等开始出现虫蛀现象。
建筑长久失修，梁架变形，虫蛀严重。
年久失修，该建筑部分梁架变形严重、木柱下沉。
钓鱼城遗址的水军码头目前面临江水冲刷，进一步损毁的危险。有的埋藏较浅的遗存，则面临农业耕作和水土流失的威胁。
由于保护不力，城墙上部大都被拆毁或垮塌，在城墙南北各有3 米左右宽的人为所致的缺口，西城门洞顶部横梁石已断裂，东城门洞内侧已垮塌。多段城墙基础有偏闪现象，题记风化严重，特别是西城门上的宋代题记的后半段已模糊不清。
由于经费不足和修复技术薄弱，多数出土文物未修复，致使未能列入库房文物藏品登记薄和未建立藏品档案和卡片，影响了藏品的管理保护和科学研究。
多数文物保护单位未建立消防设施和配备消防器材，已配备消防器材的文物保护单位和重要文物点的设施设备也严重不足，存在严重的安全险情。
大佛寺造像岩体结构不稳，加之渗水情况较重，存在塌陷、风化等险情，急需维护。
1987年3月莲花石现出，当时县文化馆进行了拓印，但由于当时专业技术缺乏，莲花石现的时间又短，拓片质量不是很好。由于位于江中，要枯水严重的季节才现，对其进行记录和保护比较困难。