自古以来，幕府山燕子矶附近不但是大江南北的交通渡口，也是古金陵防御江北的战略屏障和军事要道。加上这里享有江山共景、六朝祥土的美誉，因此在幕府山留下了许多名人足迹、历史景观和民间传说。传说战国时期的楚威王为了压制南京地区的“王气”，派人埋金于幕府山西麓金陵冈，而使南京有了“金陵”这个城名。秦始皇统一中国后，巡视江南地区也就是从幕府山一带渡江南下的。公元317年西晋琅琊王司马睿在此渡江到建康（今南京）登基而建东晋。南朝梁武帝时就有了达摩一苇渡江的故事了；南朝梁末，北齐军渡江南进，陈霸先率军出此山拒战，打败了北齐军。

达摩一苇幕府山上望长江

传说达摩祖师自古印度来中国南朝传教，到建康（今南京）时拜会梁武帝。梁武帝是笃信佛教的帝王，他即位以后建寺、写经、度僧、造像甚多，他很自负地询问达摩︰“我做了这些事有多少功德？”达摩却说︰“无功德。”武帝又问︰“何以无功德？”达摩说︰“此是有为之事，不是实在的功德。”武帝不能理解，达摩即渡江。而幕府山一带正是达摩渡江之地。现代中国历史学家们研究宋金战争时，有学者说八卦洲就是宋代的黄天荡古战场，当年宋朝军队在这里大败了金兀术。

明太祖朱元璋建都于南京，他多次来这里巡察、游玩，留下了他的许多有趣的民间传说与诗歌。

明成祖时期的郑和七下西洋，也选定在幕府山侧的张阵湖中实验他的海船。

收复台湾的民族英雄郑成功也曾经在公元1659年挟兵从福建一路杀到南京、屯兵幕府山而欲光复南京。

侵华日军南京大屠杀草鞋峡遇难同胞纪念碑

清代的康熙、乾隆两位皇帝下江南，多次到幕府山燕子矶一代巡视，其中乾隆皇帝六下江南五到此地，并留下的许多诗字。历史上其他名人骚客到这里来的数不胜数：谢灵运、李白、王安石、文天祥、马可波罗、史可法、龚自珍、邓小平等等。

近代，这里也成了中华民族耻辱的见证地。

1842年鸦片战争中，侵华英军用炮舰在这里抢滩登陆，逼迫清政府与其签定了丧权辱国的《南京条约》。

到了民国26年（1937年），幕府山燕子矶草鞋峡一带又成了日本侵略军对南京人民进行屠杀的场地，约有8万军民遭到日军射杀；如今的这里伫立起了两块南京大屠杀纪念碑（一块在燕子矶，一块在上元门）。