中共高邮经济开发区工作委员会、高邮经济开发区管理委员会是高邮市委、市政府派出机构，在江苏省高邮经济开发区行使领导职能。开发区管委会下设一办一处五局。
（一）党工委（管委会）办公室
负责组织协调全区党建和精神文明建设；负责组织协调全区宣传和信息工作；负责机关人事和劳动工资管理；负责机关文秘、公文处理和重要工作事项的督办；负责机关文书和人事档案管理；负责机关会务和接待安排；负责机关车辆管理、物业管理等后勤保障工作。
（二）农村工作处
负责东墩集镇和园区以外各行政村的建设和管理；负责所辖区域内的党建和精神文明建设；负责全区的农业、农村工作；负责所辖区域的统战、综治、民政、人武、计生等社会事务。
（三）经济发展局
负责产业发展规划、经济发展规划、项目立项管理和全区的统计工作；负责科技创新、技术改造、人才培训和引进、劳动保障、企业融资等经济服务工作；负责项目手续办理、供地、供电、供水等项目服务；负责环境保护、安全生产、质量监督等管理和服务工作。
（四）园区建设管理局
负责园区基础设施建设的规划、工程招标、施工组织和工程管理；负责园区已建成的基础设施的管理和维护；负责区容环境的管理和综合整治；负责区内建筑市场管理和建设工程的安全质量管理；负责社区建设、管理及园区范围内的相关社会事务。
（五）招商局
负责招商引资项目包装、推介和招商信息的收集、跟踪、管理；负责招商引资活动的组织实施和客商的接待服务工作；负责项目洽谈、合同拟定和管理；负责驻外招商办事处的工作指导、督查和管理。
（六）规划分局
受市城市规划行政主管部门委托履行以下职责：负责区域内的规划编制和管理；参与区内建设项目的可行性研究，组织工程选址，按规定办理项目规划审批手续；负责监督和查处违反城市规划的建设行为。
（七）财务审计局
负责区财政预决算，统筹财政资金安排；负责协调财税部门组织财政收入；负责区机关所属部门的经费和财务管理；负责（内部机构）财务审计和区属国有资产管理。