三国时期

魏初，迁徐州治所于彭城，置下邳郡。下邳、良城属下邳郡，武原属彭城郡。

两晋时期

西晋：280年（晋武帝太康元年）置下邳国，领7县：下邳、良城、凌（睢宁东）、睢陵、夏丘、取虑、僮；武原属彭城国。

东晋：326年（晋成帝咸和元年）济民太守刘闽杀下邳内史夏侯嘉降石勒，下邳入赵，改置下邳郡。358年（晋穆帝升平二年），任北中郎将郗鉴都督徐、衮、青、冀、幽五州诸军事；徐衮二州刺史，领下邳，邳入东晋。

南北朝时期

邳州大墩子遗址出土文物

南北朝·宋： 420年（宋武帝永初元年），刘裕建立宋朝，次年置下邳郡，领下邳令，南彭城太守领武原令。460年（宋孝武帝大明四年），置下邳太守，领下邳令，良城令、僮令。

南北朝·北魏：525年（魏孝明帝孝昌元年），置东徐州治下邳。

南北朝·梁：533年（梁武帝中大通五年），北魏建义城主兰宝杀东徐州刺史崔庠，降梁，梁置武州治下邳。

南北朝·东魏：550年（魏孝静帝武定八年），复置东徐州治下邳。领4郡、16县。下邳郡辖：下邳、良城、僮、坊亭（睢宁西境）、栅渊（宿迁境）、归正（分下邳置）6县。武原郡辖：武原、开远（分良城置）、艾山（艾山一带）3县。这年北齐文宣帝受魏禅，邳地入北齐。

南北朝·陈：575年（陈宣帝太建七年），陈将樊毅伐北齐克下邳，陈改东徐州名安州。

南北朝·北周：579年（北周宣帝大成元年），陈的徐州、淮南之地尽没于北周，周改安州为邳州，领下邳、归正二县，废除艾山、开远、武原三县。