唐宋诸多迁柳官员的到来为柳州经济文化的发展做出了贡献，南宋丞相吴敏、王安石（南宋）、汪伯彦都曾在柳州居住。宋代城南建有驾鹤书院。南宋咸淳元年（1265年），为防范蒙古骑兵的冲击，宋朝将州官署从柳州城搬迁到西北面偏离桂邕大道的柳城县，此后经元朝一代共百年时间是柳州历史上第一次大的衰落。元皇朝大大强化了驿道的管理，桂林到马平县城的陆路驿站有东泉驿等4个，水路驿站经洛清江有苏桥、大石、横塘、旧县等5个，主要为军事需要，但对地方经济交流也有一定推动作用。
明洪武元年（1368年），柳州更名柳州府，府官署从柳城迁回马平县，马平县从宋代以前的州治所上升为府治所，柳州再次成为统辖二州十县的府署驻在地。洪武十二年（1379年）明政府扩建柳州城垣，城高旧制一丈八尺，城东西长三华里，南北宽二里，即今城中区南半部到柳江北岸坡上范围之内，环城布有东、北、西、镇南、靖南共五个城门，现存柳州镇南门古城墙及清代重修的柳州东门城楼一段。诗云：壶城明初建，得名因形模，丽江凡四折，如环抱城郭。于是壶城和龙城，并为柳州之别称。明代的中晚期，柳州步入了粤西盛郡的发展阶段。葡萄牙商人曾从广州买桐油运往欧洲，很可能为柳州产品。明代著名人物有柳州八贤等。明末，出逃的明朝皇帝南下柳州，清明两朝在柳北一带长达数十年的拉锯战使得柳州遭受重大损失。

柳州一瞥（一）
柳州一瞥（一）(20张)
清朝平定南明后，相对的稳定使得柳州城成为广东，贵州和湖南间的贸易中心，今鱼峰区太平街一带就有的太平圩，槎山圩，喇堡圩，上汀圩和思浪圩等。清雍正十年（1732年），柳州设古州运馆，办理柳古（今贵州榕江县）间航运之仓挽运业务。柳州主要向南方输送木材，粮食，并向北运盐。当时在今柳州高中内建立了粤东会馆，今景行小学内建立了湖南会馆，十二中今群众艺术馆有江西会馆，今柳州剧场附近的福建会馆， 和今青云路近樵家巷处庐陵会馆等，柳州的商业地位在当时达到了一个高峰。当时柳州城内出现了大量表现行业特色的地名，意味着城市手工业和服务业的发展。