地形地貌 境内大部分为山地，地势西高东低，平均海拔700～800米，最高点桃园子村冒火山顶海拔1884米，最低点黑村村高家湾海拔577米。

气候 巨亭镇地处秦岭南坡中山区，属暖温带湿润季风气候类型，冬无严寒，夏无酷暑，年平均气温12.10℃,最低气温-4℃,最高气温39.7℃,降雨量937㎜,蒸发量822.5㎜,无霜期244天,四季气候明显。

水文 境内属嘉陵江流域。嘉陵江自马家湾村铜丁石入境，自北向南，由巨亭沟村灭火沟出境，全长23.6公里。

矿藏及其他自然资源 境内矿产资源丰富，有金、铜、铅锌、铁矿等。截止2011年，已对铅锌、铜，金矿、铁矿进行勘探。境内水资源丰富，嘉陵江横穿全镇而过，2010年经多方筹资，投资修建一座Ⅲ等中型水电枢纽工程，该工程预计2014年完工。

自然灾害 主要自然灾害有冬干、夏涝、冰雹、狂风等灾害。一般年景的自然灾害多，以短期的伏旱(15天)和秋淋为主。最严重的一次是2008年5月12日的汶川大地震，波及全镇3000余户1万余人，直接经济损失4000余万元。