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云山自然保护区地属中亚热带，气候适宜，动植物资源丰富。有植物203科，1518种，其中属国家一级保护的植物有银杏、水杉、香果树、南方红豆杉、钟萼木、秃杉等，现有保存完好的原始次生阔叶林200公顷，林区郁闭度达0.9以上。1921年，奥地利植物学家韩马迪到云山采集标本300多种，发现植物新种80多个，以云山命名的就有云山伯乐、云山白兰、云山青冈、云山木周等十多种。区内有树龄上千年的“榉树王”，胸围5.5米，树高21.3米，树冠投影约180平方米。缓冲区内大片的人工杉木林，树龄都在46年左右，平均胸径为20厘米以上。云山有脊椎动物66科211种，其中两栖类2目7科16种；爬行类2目9科39种；鸟类14目34科116种；兽类7目16科40种。其中属国家一级保护的有长尾雉、红腹角雉、云豹；二类保护的有麝香、水鹿、大鲵、绵鸡、穿山甲等。

云山以宗教和生态旅游为特色，吸引了众多的游客。与新宁的崀山、城步的南山形成旅游小循环，又可与广西桂林、衡阳南岳、湘西张家界联成旅游大圈，具有广阔的开发前景。同时200余公顷的原始次生阔叶林，丰富的种质资源库吸引了国内外大量的学者教授来云山进行科研考察。