根据不同功能，保护区区划为三个功能区，即核心区4155hm2、缓冲区3019hm2和实验区5416hm2。多年以来，保护区管理机构一面着力解决集体林区生态资源的保护与利用之间的矛盾，一面紧紧围绕生态保护与可持续发展利用这一主题与时俱进、积极探索、严格管理、合理开发，延续了保护区24年无火警火灾的辉煌历史，实现了生态环境的良好保护，填补了中国南方地区林权集体所有性质的自然保护区管理经验的空白。目前保护区已经完成基础建设的设计工作，区内生态保护工程、科研宣教工程和基础设施建设工程将全面展开，生态环境保护状况将得到进一步改善。保护区社区有中学1所，小学4所，在校学生396人，文化教育事业正稳步发展；社区乡政府、电管站、医院、农村医疗点、粮站和购销超市等基层一应俱全；此外，县域有线电视网、电信ADSL宽带及光纤的接入为社区的文化娱乐注入了新的活力，社区居民的文化生活得到了有效的改善。
        保护区及时开展了黄腹角雉的引种繁殖工作，并与相关科研单位合作开展了保护区森林资源的科学考察工作。1999年，中南林学院黄桑自然保护区教学实验基地设立；2004年，中国科学院华南植物研究所科研基地在此设立；2006年5月，中国科学院武汉植物园黄桑自然保护区生态定位站正式设立。越来越多的科研院校和保护区结盟,再加上保护区科研工程的实施，保护区必将迎来科研领域的又一个春天。
得益于一整套科学合理的管理制度，保护区的生态与环境保护工作颇有义效，“重保护、轻开发”是保护区工作的指导方针，24年来，为给区内的野生动植物提供适宜的生存环境，保护区实施了全面禁伐、多重保护的措施，这些措施包括护林巡护员制度的施行、退耕还林工程和生态恢复工程的实施以及加强对进区人员的监管等。除此之外，保护区还与周边社区紧密联系，加强了保护区森林防火工作、中药材管理以及对区内水资源的管理和看护，有效地保护了区内的自然环境。保护区与周边社区的联系因此得以加强，利用当前晋升为国家级的大好时机，保护区及时开展了生态环境保护意识的多方宣传，建立了火警火灾联防制度，并于2005年开始申报国家重点生态公益林以获得相关资金补助。上述措施使社区参与环境保护的热情迅速上涨,林农改变了以往靠山吃山的旧思想，他们积极地发展生态种养业，开发农家特色产业，而高山云雾制茶和鱼类水产的兴起也刺激了当地的经济，社区经济得以发展，社区群众也因此开始走上致富路。在下一步工作中，保护区为满足社会对生态旅游的需求，拟对实验区中多处景观和旅游资源进行合理开发，以带动当地经济进一步发展。
         因坚持侧重于生态保护的工作思路，保护区目前基本处于一个原始的未经开发的状态，区内蕴含丰富的矿藏、水和旅游资源。相比国内外众多的旅游景点，举世罕有的“长苞铁杉林群落”、鸳鸯岛、六鹅洞瀑布和十里情人谷更让人流连驻足，而保护区的天然氧吧、山、溪、林、鸟和农家特色构成了一幅幅和谐相融的农村新气象。如今，在国家、地方大力支持生态与环境保护的基础上，保护区将在实验区开发更多的具有本地特色的生态旅游资源（如漂流、森林浴、农家特色游等），让来此旅游的远方客人在充分感受到农家的热情与好客的同时，真真切切地感受到“铁杉青山斜阳古道，桂花流水福地洞天”的诗情画意。