明崇祯八年(1635)，思宗朱由检调朱大典总督漕运，驻节淮安。朱大典字延之，浙江金华人，《明史》有传。他到职的第二年(1636)就建起了龙光阁。《重修山阳县志》卷五“职官”说他“在淮振厉风纪，扶植士气，建城外龙光阁以壮形势。”又同书卷二“建置”：龙光阁在“南门护城岗上，明漕抚朱大典建造，以壮文峰，其门西向，与西北文通塔相应。”
入清以后，漕督辽左蔡士英(原籍宿迁)于顺治十二年(1655)及康熙初年(1662)漕督大兴林起龙先后各修葺一次。《县志》说“后改门南向，顿失旧观。”门改向南，当在二人维修时。到了康熙年间，即已倾圮无存。
淮人张养重曾写了一首七律《登龙光阁》：
危栏面面玉玲珑，俯瞷层城气概雄。
万堞参差迷近远，两河喷荡失西东。
谁家砧响凉风外，有客帆飞入叶中。
我记阁成犹弱冠，前贤高宴坐晴空。
张养重字斗瞻，别号椰冠道人，明末秀才，入清不试，自愿作为“落芨诸生”，因号“虞山逸民”，生于明万历四十五年丁已(1617)。按其诗“我记阁成犹弱冠”，“弱冠”是二十岁，张养重二十岁时正是崇祯九年(1636)朱大典建造龙光阁之时。当时说的是以振文风，其实朱大典是带兵的武官，深明韬略，当明末农民起义军纷起之时，建筑此阁，必然具有军事上的作用。他深知百姓怯于战争，故意示人以暇，作镇静雍容之势，招邀宾客，觞咏流连，因此有“前贤高宴坐晴空”之句，可以想见当时之盛，题咏之多，可惜留传至今的诗篇寥若晨星。
另一首七律是马骏的《岁杪与友人登龙光阁》：
驴背归来已夕阳，俯巡阁道野天荒。
满湖冰雪寒飞白，四野沙尘晚射黄。
财赋东南留巨镇，郊坛今古在高岗。
云烟过眼成千载，得与吾徒清啸长。
马骏是康熙八年(1669)举人(生卒无可考)，他登临此阁，大约总在康熙前期。此后在雍正、乾隆两代的七十余年中，则寂然无闻。乾隆皇帝曾六次南巡，经过淮安时对漂母祠堂、韩侯钓台都有题咏，就是没有提到龙光阁。
嘉庆六年(1801)淮安汪廷珍(1757－1827)回里时，约了一位识得风水的季惇大同来，周览淮安的形胜，认为龙光阁急宜修复。但工程巨大，未能实现。此后又经三十余年，汪廷珍已经逝世，他的学生李宗昉(1779－1846)于道光十四年(1834)回淮扫墓时，又同乡人提及修复龙光阁事，也未能如愿。直至道光二十一年(1841)民族英雄关天培在虎门抵抗侵略殉难后，淮安亦因战备需要，修缮城垣，经管人员何锦、丁晏(1794－1875)等以修城余款及用剩的建筑材料，并得到当时地方官员的支持，遂于道光二十三年(i843)四月在原址动工兴建，至同年九月竣工。当时李宗昉在北京听到很高兴，亲笔书写“龙光阁”三字巨额，又撰了一篇《重建龙光阁记》附记修城官绅题名，刻石(高约二尺，长约四尺)两块嵌置在阁下壁上。因为叙述不详，又由丁晏撰写一文(附录于后)以纪其事，刻入《石亭记事》，今尚流传。
新阁门仍向西北与文峰塔遥遥相对。阁之左方并建上下厅屋，上厅朝南，中悬“聚星堂”巨匾，为著名书法家周寅(木斋)(1786－1848)所书；下悬“礼门悬规，义路植矩；讲求道德，吟咏诗书。”这副楹联为萧山书法家汤金钊所书。接连东首有一暖房，中置几榻，壁上悬有古琴，为游客休息之所。内悬一联：“於半城半郭之中；有一咏一觞之趣。”为吴江诗人郭麟所书。下厅奉朱大典牌位，上悬程矞采书“一门忠孝”匾额，旁悬丁晏联云“毓德淮南，桂树丛中培世泽；督师江左，梅花岭上配忠魂。”左侧有何锦之子何其杰的“长生禄位牌”。何其杰(1832－1895)曾于光绪四年(1878)捐献田亩，勒石纪事：《重修龙光阁并捐置田亩记》。文生周贤所书，碑高约八尺，阔约四尺，碑早已不存。厅屋东西皆有走廓，西廊有月洞门。门外小院内有僧舍及厨房三间，中有后门出入，上有“龙光精舍”四字篆书。正门经常不开，门楣有“龙跃天衢”四字，为淮安知府满人福懋所书。
阁在正门之内，上有魁星塑像，旁有圉人牵马，中层祀文昌木主，丁晏亦有联云：“旋斗运输，乃服文德；握珠怀玉，生育贤才。”上层窗外悬李宗昉书“龙光阁”三字巨额，中层窗外悬淮安知府新建曹联桂书“大魁天下”四字巨额，下面屏风上为孔子六十九世孙孔继涑书“大学之道”一章。