早在六、七千年以前，这里就是东夷太昊部族聚居。在龙山文化遗址中，也可见到先民所创造的早期文化。　　西周时期，境内为极国封地。

　　春秋时期，改置棠邑，属鲁国。公元前718年(隐公五年) 春，鲁隐公到棠邑治所武棠亭观鱼。

　　战国初期，境内置方与邑，属宋国。公元前286年(楚顷襄王十三年)齐、楚、魏三国联合灭宋，方与邑改属魏。随之楚于县境东部置湖陵邑。

　　秦统一中国，实行郡县制，境内置方与、湖凌二县，属薛郡。

　　西汉，境内置方与、湖凌、囊三县，属山阳郡。

　　公元59年(东汉永平二年)胡陆(即湖陵)、橐并入东平国。三国时期，方与属曹魏山阳郡。265年(西晋泰始元年)，改山阳郡为高平国。东晋改高平国为高平郡，胡陆、方与属之。420年(南朝宋永初元年)胡陆县裁撤，此后境内只方与一县。596年(隋开皇十六年)，属彭城郡。

　　621年(唐武德四年)，属金州。翌年，改金州为戴州，遂属戴州。643年(贞观十七年)，戴州废，改属河南道兖州鲁郡。762年(宝应元年)，因境内有鲁隐公观鱼台，始改方与为鱼台。

　　五代十国，后梁时属兖州鲁郡，后唐、后晋、后汉、后周皆属单州。

　　北宋，属京东西路单州。金属南京路单州。

　　1235年(蒙古太宗七年)，改隶经州。1265年(世祖至元二年)，鱼台县并入金乡县，1266年复置。

　　1368年(明洪武元年)属徐州。1374年，改属济宁府。1385年，降济宁为州，升兖州为府，遂属兖州府。

　　1724年(清雍正二年)，属山东布政使司济宁直隶州。1730年，改属兖州府。1776年(乾隆四十一年)，复属济宁直隶州。

　　1946年6月，复建鱼台县国民政府。是年9月，国民政府军占据鱼台，鱼台县复属山东省第一行政督察区。1948年8月，鱼台全境解放，鱼台县国民政府结束，属冀、鲁、豫区第三专区。1949年8月，属平原省湖西专区。

　　1952年，平原省撤销，鱼台县改属山东湖西专区。1953年7月，撤销湖西专区，鱼台县改属济宁专区。1956年3月鱼台县并入金乡县。

　　1964年11月，恢复鱼台县建制命属济宁专区。1978年7月，济宁专区改为济宁地区，鱼台县属济宁地区。1983年10月，济宁地区撤销，原县级济宁市升为省辖地级市，鱼台县属之。至今建置未变。

　　1995年5月18日，撤销王鲁乡，设立王鲁镇。

　　1996年8月18日，撤销张黄乡，设立张黄镇(鲁政函民字[1996]43号)。

　　1998年7月28日，撤销王庙乡，设立王庙镇(鲁政函民字[1998]19号)。

　　2000年，鱼台县辖6个镇、8个乡。总人口426172人，各乡镇人口： 谷亭镇 75279 清河镇 22491 鱼城镇 39081 王鲁镇 38517 张黄镇 29743 王庙镇 31113 老砦乡 26987 唐马乡 31410 武台乡 24860 石集乡 17318 罗屯乡 28031 李阁乡 204.75 陈楼乡 16579 周堂乡 24288 (根据第五次人口普查数据;单位：人)。

　　2000年12月1日，撤销武台乡，将其行政区域并入王鲁镇；撤销石集乡，将其行政区域并入清河镇;撤销周堂乡，将其行政区域并入王庙镇;撤销李阁乡、陈楼乡，合并设立李阁镇，镇人民政府驻原李阁乡人民政府驻地(鲁政函民字[2000]68号)。

　　2010年，撤销谷亭镇，设立谷亭、滨湖2个街道;撤销老砦乡、唐马乡，设立老砦镇、唐马镇。