就在郭押解江南对质时，郭之原配夫人屈氏在即墨老家闻知其遭诬厄，全家如坐针毡，即派族人或家人在即墨与江南之间奔忙如穿梭，打探中间审理信息。屈氏，在封建妇道中贤淑聪慧，学识见地堪数一流。她对郭的仕途官场之事了如指掌，每每在替丈夫分忧解难。在丈夫身陷冤狱，生死未卜的危急时刻，她终于想出了以丈夫名义上疏伸冤的主意。于是，她连夜秉灯沥血写成疏稿一道，即亲自偕郭之弟郭瑚并率一仆妇策驴赴京师，准备上朝廷击鼓伸冤。为褒其贤德，扬其才华，更使世人观其郭案全貌，笔者不嫌其赘，兹将屈氏疏稿摘抄如下：
为群党罗织，局谋锻炼，冒死鸣冤，仰祈睿鉴事。臣本一介寒儒，家世清白，八年县令，皇上破格拔置言路，屡次优擢，臣感激涕零。伏见皇上孜孜求治，辨别贤奸，正朝野肃清之会。窃思报效不顾身家，故前后三疏俱蒙圣明洞察，恕其狂直，但臣之受固深而诸人之切齿已甚，频年以来，四处吹求苟涉风影，便思罗织。无如臣非贪滥取钱之人，无枉法赃罪苞菹魂遗之可指也，臣为家徒壁立之人，无亲族仆从肆害乡里之可指也。适江宁巡抚洪之杰具题查参亏空一案，奉旨着山东巡抚押送臣赴南质对，抚臣佛伦恨臣前疏参劾，乃借此生波，挟仇报复，谓臣不行回原籍潜藏京城，臣于五月内蒙圣恩休致，臣因赀斧维难，选遣家人回籍操备盘费，兼之霪雨连绵，感冒暑症，随于七月初六日束装就道。即旗员归旗例，亦有五月之限，臣在京未及两个月，并不违例。又云串通朋党，夤缘生事，臣秉性憨直，孤踪只影，屡次超擢，俱出圣裁，夤缘又何人？岂若辈之招摇撞岁，赃私累累，当未败露之先锋行无忌，稍有败露即布置心腹，百计弥缝，彼乃不以为党至。臣谨持循分不肯迎合群谋，一遭罗织，即素交亲朋亦无敢有过而问焉者!彼反以为党乎。又诬臣为郭尔标之子，系黄宗昌家奴，改名讨封。臣生父郭景昌乃本邑痒生，与尔标远族，即臣嗣父郭尔印与尔标亦系远堂，各有宗派，人所共知。尔标当明季作乱时，臣方六龄，生父携臣避难于文登县之宋村集，及柯永盛拿获尔标正法之后，始于顺治三年回籍，臣伯父郭尔印乏子，过继嗣承。生父于本年九月病故，又人所共知。郭尔标乃只身光棍，投黄宗昌家人为宗族，所不齿亦昭彰于人耳。目前大学士伊桑阿等奉旨问臣，臣曾据实奏明，已蒙皇上洞明矣。如谓臣系尔标之子，嗣父亦系宗昌家人，现有宗昌嫡孙黄贞晋一问即明，不知佛伦所闻而无影无稽，诬臣冒认父并不查察，即行追缴诰命，独不思皇恩封诰乃国体所系，今佛伦挟仇顺口诬控，辱臣即所以辱国，是可忍也，孰不可忍也!臣即死不瞑目。至于江南臬司高承爵乃明珠侄婿，与高士奇认同宗，局谋陷害，将臣原任吴江县令，件件搜求并无过误，只有县丞赵炯经管二十二、三等年存仓米二千三百石，赵炯具有储仓印结在案，臣行取时即据结交与署印张绮梅。不意赵炯大计降调，先以暗制亏空潜避。河工张绮梅详明上官，屡提不到，臣只因此失察恐国课虚悬，业于二十七年遣家人变产买米代炯赔完。高承爵蒙混详参，提臣质对，于九月初七日投批发上元县看守，忽二十二日高承爵差上元县率领多人招夹犯陶仲到臣寓所，口称搜捉陶孟伟，遍搜无踪，问及原由，陶仲云：说来俱是没天理丧良心的话，我那里熬起这大刑，自晨夹至午后，要我这样说的等话，再问则长叹而不对。是日围观者二三百人，闻之莫不骇异称冤。且此案亏空米石前参疏内夹讯经承佥供赵炯侵用，臣代赔完，况钱粮从来以案卷为凭，前署印张绮梅详文并赵炯印结已确然有据，而高承爵乃置前卷与赵炯而不问，忽于十月初十、十二、十七、二十二等日，将经承与张梅屡审屡夹，或三四夹，或五六夹，唯张绮梅十二夹，又声称上脑箍，必使栽害臣身而后已。若赵炯惧罪脱逃乃系三四月间，高承爵审后疏纵，臣何得知？况当日力审详参必发原差刘英，而批回尚在，臬司堂役铁公锡处，则疏纵之咎将安属乎!乃又将陶仲、高经历屡审屡夹，有四五夹以上及六七夹者，或供赵老公叫他去，或供河官知他去，或供陶孟伟知他去。语言闪烁，俱置不论，必使扳陷臣身而后已。夫朝廷设法原自无纵无枉法，堂断事要期唯虚唯明，今竟造局设谋，不顾是非，严刑逼供，三木频施不尽。知所造之成局，而不知煌煌国典之谓何!乃使张冠李戴也。况新例交代不清罪坐接署官赔补，前官免议。张梅乃出结之官，岂不知例而反肯任臣亏空而不言以身试律法乎？至钱粮则例即系本身亏空，参后全完者免罪。况亏空原出赵炯，与臣何涉，且事在赦前米经全完，俱可邀恩。高承爵背恩旨于不论，而反欲坐罪于臣，赫赫王章之谓何!而竟违例锻炼也。总之，承爵局谋已成，臣或不认势必至删改口供加臣大刑不等。臣书生也，曾受皇恩，身列大臣，宁死不辱，即屈认死罪以存国体。伏祈圣明乾断，怜臣孤影踪只，冤被罗织，提臣到京得观天颜，历陈佛伦之诬控与承爵之锻炼，立赐查究。庶生死不致，含冤即磔，臣于市亦所甘心也!
观完这篇洋洋大疏，世人多为叹息不止，无不赞叹屈氏不愧骨鲠直臣之内助，古代巾帼之楷模!屈氏一行替夫伸冤刚到京城，便得知郭琇被恩敕回籍的好消息，遂又日以兼程返回即墨。郭琇被赦免回籍后，在家一住就是十年。已到花甲之年，仍是膝下无子，便过继其弟郭瑚之子廷翼为嗣，是年廷翼五岁，不久，屈氏病故。
康熙三十八年(1699)五月，康熙皇帝南巡回驾，六十二岁的郭琇奉命迎驾于德州。二十三日，康熙皇帝上谕九卿曰：“朕幸江南、吴江百姓至今感戴郭，可见是个好官。”六月初一日，九卿奉上谕：原任左都御史郭，前为吴江令，居官甚善，百姓感颂至今。其人有胆量，可授湖广总督，令驰驿赴任。郭奉旨后，即于七月十五日走马抵任。八月初三日，次子廷翥出生于即墨故里，暮年得子，喜乐尤甚。
在湖广任职期间，郭广播仁惠，励精图治，除革楚地陋俗，过问田赋钱粮，关心黎民疾苦等职权之事外，仍不改初衷，连连上疏，弹劾贪官污吏。刚刚上任，便于八月十一日上疏“参襄阳知府黄章贪酷及荆南道蒋兴芑互讦状，各拿问”；九月二十一日，又上疏“参兴国州知州张辉祖、嘉禾县知县陈开泰贪劣状。”一时间，郭琇所管辖之处“墨吏望风解绶”，贪风顿缩。在处理湖南苗人骚乱一事中，郭琇亦有其独到见解，他在给康熙皇帝得疏稿中说：“逆苗种类繁多，心性狡黠，弱则稽首请命，强则率众跳梁，我若兴师问罪，彼则窜匿深菁；我若奏凯而归，彼则仍思跋扈，所以，自古不能断其根……”他不主张兴师围剿穷追不舍，而主张能招抚则招抚，不能招抚则移兵防堵，军威壮，声势广，使其不敢肆行。清廷采纳了郭琇之主张，终使湖广无大乱。
康熙三十九年(1700)正月二十七日，康熙皇帝召见郭，然后屏退左右问：“东抚王做官如何？”郭回奏；“做得好极!”静了一会儿，康熙再问：“前任伊桑阿何如？”郭回奏：“臣不敢言。臣还有本奏……”康熙皇帝一听嗤然作笑，郭遂脱帽叩头大哭，历诉其祖父之冤，并奏请“臣年老，素有痰疾，辩明此冤，求恩罢斥，另简贤能”。皇上回曰：“今日复试举子，你且退，明日将本带来”。第二天，郭携为其祖父翻案伸冤的疏本入朝，启奏曰：“臣今日之辩白，非敢为私报复之计，但此乃臣生平大节，所系国家体统，所至抱冤十载，死不甘心!”此时佛伦已升为大学士，列与朝班之首。康熙皇帝即诘问佛伦：当年所奏郭改父名讨诰封之事从何而来？佛伦无以所对，只以“风闻”引罪了事。于是，康熙遂降旨还郭原封之诰命。郭明知康熙皇帝偏袒佛伦：诬陷了人家十年，什么罪责也不担，只用“风闻”二字了事，也实在太欠公道。但皇上为了调和矛盾，赦令封还了郭家诰命，也总算为其平了反正了名，金殿之上，也就不敢再有什么非议了。
康熙朝政既需要郭这样的官，也需要佛伦这样的官。从正直无私而论，康熙皇帝还是相当赏识郭的，是年十一月十一日，河南巡抚徐潮陛辞时，上谕告戒曰：“尔去但如郭为官，不但今日之名臣，即后世亦皆敬仰矣!”第二年正月十七日，郭上疏乞休，康熙皇帝降旨曰：“卿才品优长，简任总督，正资料理，着照旧供职，不必以衰病求罢”。郭再三以病为由乞休，康熙皇帝却一再挽留不准其本，并感叹道：“病甚，思一人代之不可得，能如者有几人耶!”
然而，就在此时，排陷异己的死波微澜再次泛起。御史左必藩、给事中宋骏业等谗臣接连上疏弹劾郭。于是，康熙四十一年(1702)，年届六十五岁的郭再次被排斥罢官，回到即墨故里。
康熙四十六年(1707)，郭七十岁时，又逢圣驾南巡，他再次赴德州迎驾。康熙皇帝对其亲切问候：“病愈否？尔家即墨祖居耶？侨寓耶？”郭回奏道：“臣祖居即墨”。康熙又问：“尔有儿子现居何官？”郭回奏：“二子幼小，在学读书。臣犬马之疾不时举发，圣恩高厚未能极也”。康熙皇帝即赐御筵，慰劳而归。
康熙四十九年(1710)三月十五日，郭七十三岁时又得一子，名廷翕。其三子皆贤达：嗣子廷翼附贡生，岁荐，“性阔达，喜施济”，曾“捐地三百亩以给鳏寡”，其孝义载入县志；次子廷翥举人，官嘉兴知府；三子廷翕举人，官宜春知县。郭二次罢官后，在即墨故里又度过了十三年，于康熙五十四年(1715)三月初七日病逝，享年七十八岁。他四十二岁为官，先后任吴江知县七年半，任御史三年，任湖广总督三年半，总算起来在官场的时间不超过十四年，而大多数时间乡居在家，过着提心吊胆的日子。按说，郭为官不为不清，但为什么他的官场生涯总是不顺畅，时时有人盯脚后跟？原因自然是多方面的，然《清史稿·郭》一文中之最后两句算道出了官场之真谛：“直道难行，不