当时明珠、余国柱等人的擅权、贪婪朝人皆知，康熙皇帝一不聋二不瞎，当然也是知道的。但总得有朝廷大臣参他，皇帝才好借故治其罪。可是，明珠、余国柱那等权势谁人敢参!有几个言官也曾“颇有参劾，即令借事排陷，闻者骇惧”，再有那个敢以卵击石呢!所以，郭这一本是冒着极大风险上奏的。康熙曾问侍臣：明珠如此何无劾奏？待臣答曰：“人孰不畏死？”郭在疏中也曾明确指出：“臣固知其党羽实繁，睚眦必报”，“伏见皇上求治，辨别奸贤，正朝野肃清之会。窃思报效，不顾身家。”当时也有另一种议论，说郭精明异常，早已洞察到康熙励精图治，久欲拿权臣开刀，苦于无人上疏，才敢投皇帝下怀毅然上疏。然而，康熙帝却不这么看，他认为象郭这样敢于上《纠大臣疏》的直臣实在太少也实在可嘉。所以，他不但没有对郭加责，而且立即准了其本奏，并在上谕中作了处分：“国家建官分职，必矢志清白，大法小廉。今在廷诸臣，自大学士以下，惟知互相结引，徇私倾陷。凡遇会议，一二昌率于前，众附和与后，一意诡随。廷议如此，国是何凭？至于紧要员缺，特令会同推举，原期得人，亦欲令被举者警心涤虑，恐致累及举者。而贪黩匪类，往往败露，此皆植党纳贿所致。朕不忍加罪大臣，且用兵时有曾著劳绩者，免其发觉。罢明珠大学士，交领侍卫内大臣酌用。明珠毕竟是满族官员，且有功于康熙王朝，所以康熙还是为他开脱罪责，从轻发落了。余国柱等遂被逐回籍。明珠之流被参倒，郭由此声名大震，受到康熙皇帝的格外器重，被破格攫升为左都御史，从从五品一跃升至为从一品，连升四级。
郭有了康熙皇帝做后台，胆量更加大了。次年，便又上《参近臣疏》，弹劾皇帝近臣少詹事高士奇、原任右都御史王鸿绪和给事中何楷、修撰陈元龙、编修王顼龄等植党营私、徇情枉法、贪污自肥等罪行。疏中列举了高士奇等人四条可诛之罪：“……日思结纳，陷附大臣，揽事招摇，以图分肥。凡内外大小臣工，无不知有士奇之名，夫办事南书房者，先后岂止一人，而他人之声名总未著问，何士奇一人办事，而声名赫奕乃至于此，是其罪之可诛者一也。久之，羽翼即多，遂自立门户，结王鸿绪为死党，科臣何楷为义兄弟，翰林陈元龙叔侄，鸿绪胞兄王顼龄为子女姻亲，俱寄以腹心，在外招揽。凡督抚藩臬道府厅县以及在内之大小卿员，皆王鸿绪、何楷等为之居停。哄骗而夤缘照管者，馈至成千累万。即不属党护者，亦有常例，名之曰平安钱。然而人之肯为贿赂者，盖士奇供奉日久，人皆为之曰门路真。而士奇遂自忘乎其撞岁，亦居之不疑曰：我之门路真。是士奇等之奸贪坏法，全无顾忌，其罪之可诛者二也……”高士奇是担当皇帝侍读、侍讲、起居注之职，甚得康熙赏识，常“以士奇书写密谕及纂辑讲章诗文”。他结交了一伙朝廷权臣，植党营私，招摇撞骗，收受贿赂，中饱私囊，其贪婪之心不亚鲸吞。故郭在疏中揭露高士奇一次就受贿“瓦房六十余间，价值八千金”；又“寄顿各处贿银资本约至四十余万。又于本乡平湖县置田产千顷，大兴土木，修整花园。杭州西溪，广置园宅，苏松淮扬，王鸿绪等与之合伙生理，又不下百余万，窃思以觅馆糊口之穷儒，而今忽为数百万之富翁，试问金从何来？无非足给于各官。然官从何来，非侵国币，即剥民膏”。洋洋一道疏本，罪状列数有序，事实有证有据，如板上钉钉，那容得高士奇一伙半点狡辩!结果，红极一时的高士奇等权臣亦被罢官丢禄。
郭这紧锣密鼓的三大疏，顿时引起“群党侧目，百端交构”，“天子为之改容，举朝为之失色”，“直臣之风，震霆一鸣，佥壬解体”，因此时人赠其雅号为郭三本。从政权建设上看，郭琇这三大疏，特别是后二疏，有力地抨击了贪官污吏的腐败以及结党营私的不正之风，这对清王朝朝纲的整肃和朝政的巩固，无疑起到了极其重要的作用，对后来人们所乐道的“康乾盛世”，亦是功不可没。因而康熙曾在上谕中赞扬巡抚李光地、彭鹏及总督张鹏、郭琇“四臣皆持正清廉”。当时“上所亟倚毗，尤重者湖广总督郭公，北直巡抚李公，江南总河张公，广东巡抚彭公，朝政大者，往往驰驿而咨焉，唯其言是采择，天下号”四君子，著名学者赵侗学曾立言说：”余时虽不能识华野先生之为人，然已耳熟其名矣。迨稍壮，乃知先生正色立朝，弹击不避皂囊，所进前后三大疏，是以扶乾坤之正气，树朝廷之直声“。卢雅雨(道悦)亦在《山左诗抄》中赞道：“公直声动天下，新城之文章，武定之事业，当代并峙为三”。顿时，天南海北“谁人不识君”，都知道郭其人。“自戊辰、己巳，海内推直臣，耕夫、红女、皂隶、庸丐、破蹇、瞽蒙，未有不津津道郭公者。”当时的著名作家蒲松龄在其《聊斋志异》中甚至引用郭为老乡。即使在后来郭被罢官十载，一朝迎驾德州时，郭的童年知府卢道悦目睹其情景后写道：“同年郭华野先生来德州接驾，父老想望风采，遍道聚观，车不能前。昔温公赴阕，卫士加额，前后若合符节。予得之目睹，形诸诗歌，非私阿所好也”。上至皇上推崇，下至百姓附心，可见郭琇在当时朝野中的声名之高，影响之大。
月满则亏，水满则溢。就在举国上下沸沸扬扬大言郭功德之时，郭的政敌们却并没有因此而罢手，尤其是那些被郭参倒的权贵们更是剑拔弩张伺机反扑。不久，郭便遭到明珠余党的诬陷，被罢官回乡了。可以说，郭因三大疏而起家，又因三大疏而招祸，终生不得安宁。这三大疏在郭琇一生的官场生涯中起着举足轻重的作用，有得也有失，可谓三大疏定平生。
康熙二十九年(1690)，山东道御史张显法弹劾山东巡抚钱钰贪黩罪，钱钰因开脱罪责而反咬一口。说因郭曾致书举荐即墨知县高上达。遭钱钰拒绝，所以郭琇因泄私愤才驱使张显法弹劾他。郭即抗辩说：“某为总宪，岂不敢参一巡抚，而假手御史耶!”部议定郭琇私书罪拟杖刑，康熙皇帝以郭平日鲠直敢言，乃改降五品调用，这也算是皇恩有加了。时佛伦为山东巡抚，见有机可乘，便趁火浇油上疏诬告：“郭世父郭尔印乃明季御史黄总昌家奴，郭之父郭景昌原名郭尔标，入贼党伏法。郭私改父名请诰封，应追夺。部议同意此请，将郭逮江宁勘治。康熙皇帝有意为郭开脱，便特谕大学士伊桑阿着无人处问郭琇是否真系郭尔标之子，郭琇即以诬陷作答，且流涕道：“言臣祖父文耀横被尔标之乱夹仇谋害，指仇为亲，实属罗织!”康熙知之，特令郭休致还乡。至此，从三大疏到还乡，仅短短三年之内，一个正直敢言、忠于朝廷的有为大臣被彻底清除了清廷，除去了明珠余党的肉中刺、眼中钉。然而，这些人仍不舍气，一天也没有停止过对郭的明察暗访，鸡蛋里头挑骨头，非要找出点事来，将郭置于死地而后快。由此可见，清廷官吏之间的明争暗斗、勾心斗角是何等厉害，何等不可调和。不几日，佛伦又上疏：“郭琇系休致之员，乃悖旨不速回原籍，潜藏京师，串通明党，夤缘生事”。接着，又有人参奏：郭琇任吴江县令时，坐侵米粮二千三百余石，勒郭携家人周德明等急赴江南对质。一时间，狂飙四起，乌云压顶，百官为之咋舌。眼见得此时的郭琇只有招架之功，而没有还手之力了。官场险恶，到此显而易见。
其实，米粮之事是这样的：郭任吴江县令时，县丞赵炯经收康熙二十二、二十三两年的漕米二千三百石，具有储藏印结存案。赵炯暗中制造亏空，郭不知。后来，仓署印移交给张绮梅接管，赵炯之行败露而畏罪逃匿。郭闻知后，即差家人董起风等于康熙二十七年代买足数还仓，并即刻通令严捕赵炯。而江臬高承爵系明珠之侄女婿、高士奇之宗亲，素日恨郭之极，便故意放纵赵炯而不缉。本来是早已了结的一桩陈案，而明珠的余党们为了彻底整垮郭，又将其重新翻动出来颠倒黑白强加于郭身上。
为对质此案，年已五十三岁的郭，冒酷暑于七月初六日自京起行，二十九日回到山东。巡抚佛伦即差人押送，于九月初七日抵达江宁，发上元县关押，等候月余不得审。十月初十日，开始夹讯经承、周德明等，均供赵炯侵粮，郭为之代赔，张绮梅亦在堂上出视赵炯引结，然而主审官高承爵醉翁之意不在酒，根本不看不问。十二至二十日复审，再次用酷刑夹讯经承等，逼其供认郭藏匿。郭琇忍无可忍，厉声对张绮梅说：“若辈不过欲死我耳，何不诬承而自苦若是!“高承爵拍案大吼：”郭尔不畏死耶？“郭笑答：“我畏死不至此。畏死者方坐堂上!”此时，明珠、高士奇皆伏于屏风后面窃听。审讯者倚仗酷刑反复逼供，受刑者主持正义至死不招，审讯很不顺利。
来年春正月，康熙皇帝特恩准放免郭回籍，然而高承爵等仍不使归。郑中丞劝说：“今奉旨宽免矣，君恩已赦，而我等犹不赦乎？。高承爵狡辩说：”倘在道上生事奈何？“郑中丞说：”他境生事，何关我虑!“高承爵这才语塞放归。此案幸亏康熙皇帝还算英明，知道郭正直敢言，树敌太多，别人有意加害，故出面调停。否则，几个郭也要魂断江南了。