至七月，李毓昌三个仆人顾祥、李祥、马连升、淮安知府王毅、山阳知县王伸汉及王伸汉长随包祥、张祥、余升等人先后落网被解到北京，交付刑部关押候审。开始，各案犯在受审中顽抗抵赖，避重就轻，妄图蒙混过关，后来分别经过严刑拷讯和当堂对质，各犯在人证物证面前，不得不低头认罪，吐出了犯罪事实，特别是元因王伸汉，经过多次过堂对质，见贪污和杀人灭口内情暴露无遗，靠山也成了同案囚犯，狡赖已属无益，便原原本本供出了吞赈、行贿及杀人灭口的全过程。

李系毓昌命案自受理至结案经过上下诸多衙府的共同努力，长达三个多月，终于大白于天下，涉此案之人犯上至两江总瞥，下到奴仆家人，共有二十人之多，其中忠良者也不乏其人，真是径渭分明善恶各有报应，终审结果钦定如下：两江总督铁保，身为封疆大吏，其所属部下吏治废驰，贪赃杠法，毫无觉察，日浑噩于醉生梦死，实不胜此重任，着令革职，贬往乌鲁木齐效力赎罪。江苏巡扶汪日章，一省巡抚，下属宫员有此等巨贪命案，却全无察觉，如同聋瞎一般，真属老年无能，即令革职回籍。江宁布政使杨护，责查办赈务，不但查不出王伸汉侵吞赈银来，就连查赈大员被害也被蒙在鼓里，其咎甚重，本应革职，但念其平日于任上尚属敬业，着令降职在河工上效力。

江宁按察使胡克家，亲手经办此等重案，

不加细推求勘验便草草结案了事，严重读职，着令革职，留河工效力以观后效。另外王伸汉侵吞的赈银二万三千两，除抄没家产抵补的数额外，亏空无法追回者，一律由该案的以上四名主管官员分别按数摊赔。

淮安知府石毅，共收受王伸汉贿银四千两，和王同流合污，更为严重的是在明知管下知县谋命重案的情况下含混应付，替凶犯张胆过关，情节严重，“着绞立决，派刑部侍郎秦澭监场行刑，于九月初四日复旨”。山阳知县王伸汉侵吞赈银二万三千多两，已属罪不可赦，又谋杀李毓昌人命一条，实属贪黩残忍至极，着立即处斩，抄没全部家产，并将其长子收监，岁满时发配乌鲁木齐看押。

同知林永升，查赈中收贿一千两，按大清律“盗仓库银两一千两”例，判以革职，杖一百，流放四千里例，嘉庆御批：“尚觉过轻，着改发往乌鲁木齐效力赎罪。”典史吕时雨，受贿九百两，从九品温南峰受贿八百两，州同龚国亘、谢为林、从九品黄由受贿七百五十两，按“六百六十两”律例，均判已革职，杖一百，流放三千五百里。训导言廷磺、县丞张为栋各受贿三百两，府知事余清扬受贿二百两，按“一百两以上至三百三十两”例，判以革职，杖一百，流放二千里发落，以上九名罪犯均抄没家产入国库，并且“不准其完赃减免”。

王伸汉家人包祥，胆敢为主护设计谋害朝廷查赈大员，按“谋杀加功”律例，判先施夹刑一次，再行斩首。李祥、顾祥、马连升，身为李毓昌长随，随主人查赈，胆敢贪利附逆谋害主人，实属罪大恶极，均按“雇工人谋杀家长、照子孙谋杀祖父母者，皆凌迟处死”条律，将顾祥、马连升各重打四十大板再凌迟处死。李祥是谋害主人的魁首，着刑部派司法官一员将其押赴山东即墨，于李毓昌墓前先刑夹一次，再凌迟处死，并摘心祭灵，以泄幽恨。

对李毓昌等人和办理此案有功人员，嘉庆帝亲下谕旨予以褒赏：

李毓昌：追封赏加为知府衔，照知府例赐恤。按四品官例给与全葬银二百两，一次致祭银二十两，; 加赏李毓昌叔父李泰清为武举人：李毓昌无子，为继承其香火，恩准将其侄李希佐继承为嗣子，并加恩赏为举人，准其京考会试，继统书香，以示不忘忠良后人之意。

嘉庆帝亲作《 悯忠诗》 五律三十韵，请乾嘉时期北方著名的四大书法家之一叔父成亲王代笔书写，镌刻于石碑土，立于李毓昌墓前，并捐资一千两修《悯忠诗》 碑楼一座，以褒忠节。另有各级地方官员损资一千余两，供李毓昌夫人林氏作为生活所需和嗣子学业和女儿日后嫁资所用。

嘉庆十四年秋，在即墨城西北十二里的蓝埠岭上，一座高大的坟墓矗立于一片坟墓之前，一座高大宽厚的大理石龙头石碑十分醒目，碑的正面是“哀哉李毓昌”五个阴文大字，长阔各在一尺二寸以上，深有一寸多深，非常苍劲有力，碑阴，便是《悯忠诗》 三十韵，一座四角挑檐的黄琉璃瓦亭子，把这座跌驮双龙戏珠的高大碑体遮护其内… … 正是：

一点丹心关国计

千秋黑骨为民生