李毓昌分办了四乡清查任务，他于古历九月底带领几个仆役亲赴四乡村寨，深入民户逐家核查人口和领取赈银数目，登记造册后和山阳知府所报放赈数目逐一核对，至十月底，即查完两乡。李毓昌掌握了王伸汉虚报户口、侵吞赈银的实据后，随即写好禀贴，准备上报淮安知府和省府衙门。

王伸汉通过跟随李毓昌下乡普查的衙役密报，李毓昌证据在手，即将揭发他的贪污罪行以后，大为惊恐，急忙修书将李毓昌请回县署，殷勤地诱导他说“李君青云壮志，初次涉入仕途，官场中的诸多关窍，君还不知，这里边如果一味追求虚名，就失掉实惠，实为官场中的大忌，希望李君也不要那样去做，实与切身无一益处”。李毓昌听后怒不可遏，拍案而起；正色答道：“我非不欲得实惠，实在是不忍心向嗷嗷待哺饥民抢夺那点仅有的口食啊!此事王君你如何办是你的事，我实在不敢瞒着良心花丧尽良心的钱，归我所查四乡的真实情况，恕我无礼，我要如实的向上司汇报。”说完，李毓昌不顾王伸汉的再三挽留，拂袖而去。王伸汉见李毓昌不为金钱所动，又听不进规劝之语，铁了心要把自己吞赈银的事向上司捅破，置自己于死地，顿时起了杀心，不如先下手为强，来他个杀人灭口!

当天晚上，他便找来亲信包祥密秘商议，如何不留痕迹的收拾掉李毓昌。包祥本是淮安地方上的一个无赖，专干偷盗抢劫的坏事，王伸汉看他胆大手狠，是一把好打手，便收为心腹专干一些承揽地方诉讼、欺压百姓的事，来为王伸汉吃私贪污为虎作伥。王伸汉向他一说，他便两目露出凶光，连说这事好办，包在他的身上。包祥首先以都是仆役为名，拉李毓昌的三个仆人李祥、顾祥、马连升一去饭馆喝酒，并且出手大方，给三人零用钱花，在席间，包祥向三人夸富，说他跟着王伸汉如何如何有钱，并问三人境况如何，李祥三人当初由殿试考官引进，跟着李毓昌走马上任，图的就是要赚个实惠富贵，不缺银子花，谁料想跟了这么一个耿直的主子，自己穷的叮当响，还把山阳县令送来的银子拒之门外，弄得他们三人更是福没跟着享过，罪可遭了不少，成天两脚泥水的在四乡走来转去，查什么户口名薄，成天和些穷种打交道，心中早己怨恨不己，今天包祥有请，出手大方，相比之下都是跟着七品县令当差，自己怎么就这么了这么晦气，跟了这么一个死犟眼子，酒一落肚，三人听包祥这么一勾弄，便把心中的一股怨恨一齐抖了出来。包祥一听心中暗喜，心想真乃天助我也!遂把和王伸汉计谋好的毒计和三人说了一遍，答应事成以后重金酬谢银，每人500 两，如愿继续跟班，可向其它官衙引进。三人一听有重金，并可另择衙署跟班，再不用跟着这个清君子 受穷，便一口应承下来，相机行事。

包祥回去报与王伸汉已把三个家人买通，只待择日下手。王伸汉也不怠慢，亲往善缘庵邀请李毓昌前去县署赴宴，李毓昌对王伸汉虽然十分厌恶，但碍于情面，只得同往。王伸汉心怀鬼胆，故意不谈查赈之事，只是拉家常，扯天南地北，谈些笑料，假意殷勤频频劝酒，直把个李毓昌喝的酩配大醉而归，深夜，李毓昌醒酒后口渴要水喝，李祥便将事先预备好的砒霜投入茶水中，奉给主人，李毓昌口渴难耐，接过茶壶便“咕咚咕咚”一气喝了个干净，又翻身躺下，不一会，便高喊腹痛，神色骤变，口吐鲜血。李祥三人更不怠慢，把早己准备好的丝带紧勒咽喉，用力拉扯，月不一会，李毓昌便气绝身亡了。紧接着，这三个贼家人又将李毓昌的尸身悬挂到屋梁上，仿造了一个自缢身亡现场，时为清嘉庆十三年十一月七日。次日一早，三个贼人即到县衙报案，谎称主人数日来心神不宁，思绪错乱，于昨天夜里自缢身死。王神汉假装不知此事，闻讯后速往庵中查看。进屋后他先将李毓昌放在箱子里的揭发其贪污的禀贴和户口清册取走，然后派人报知淮安知府王毅。淮安府和山阳县实是一城两衙，就像青州府和益都县一样。时间不长，王毅来山阳县衙，王伸汉又暗中送上自银二千两，求其照应，王知府受银后心领神会，知是王伸汉所为毒计，但自己也已侵吞过赈银，如果真个追查起来，自己的这顶乌纱帽也肯定就戴不住了，还是用官场里的老俗语：官官相护来打发这件案子吧，那样都不缺银子花。王毅来到现场验尸，见李毓昌口鼻出血，便命仵作李离去口边血迹，李标会意，便将中毒致死的实情隐瞒了过去。王毅顺水推舟，便以悬梁自尽结案。王伸汉到鸠毙李毓昌的计划己大功告成，便命假装悲哀李祥等人为其主人换衣盛殮，停枢于庵中，派人前来即墨李毓昌家中告知前去迎枢。

十一月十六日，李毓昌叔父李士琳(字泰清)因李毓昌父亲已经去世，身下又没有别的儿子，他便亲赴山阳迎枢回故里。在启棺看尸时，王伸汉等人做贼心虚，怕露马脚，故意把棺柩停放在暗室中，下面又用木凳垫起很高，李泰清踩着一条小凳上去揭盖俯视，光线非常昏暗，只见毓昌面白如纸，神色凄惨，泰清记得临去京城赶考时全家为其送行，气宇轩昂的一个活人，正在风华正茂时期，谁知不过半年多点，如今竟会这样走上末路，不忍再看下去，扶棺恸哭了一场。当时的李泰清，并没想到世道如此黑暗，官场又是这般的险恶，其侄子是被贪官暗算身亡的。雇好了拉柩车辆，打点起所遗衣物，李泰清即扶柩回乡。临走，王伸汉假意送了150 两白银路费，以表“心意”。李泰清起柩回即以后，王伸汉把李祥安排在淮安通判署内当差，把马连升推荐在宝应县署内公干，顾祥不愿在外，回苏州老家去了。

李毓昌的灵枢归里后，暂膺(把棺材停放待葬)在郭集街路东的李氏祠堂院内(今胜利街小学校处), 待来年春天坟墓修好以后下葬。王伸汉这个巨贪是老奸巨滑，做贼心虚，虽然在李泰清看尸时施弄小计把他蒙混了过去，没有看出什么破绽，但心中老是觉着不踏实，恐怕万一露了马脚惹杀身大祸。在李泰清起灵上路时，他便重金雇了一名“飞贼”高手，沿途紧跟其后，寻找机会焚尸灭迹，不料一路上由于李泰清看护的紧和旅店中人多眼杂，一直没有机会下手，遂一直跟到即墨县城。李氏是一大族，到家后更有许多人日夜在祠堂内值班看护，“飞贼”更是无从下手，住了些时日他看到焚尸己经无望，急着回去过年，便趁夜窜上祠堂门口的旗杆上，把旗杆顶上挂着的斗子带回去交差，以证明已到过即墨。

来年二月，李毓昌的夫人林氏在检点丈夫遗物发现丈夫生前所穿的那件皮袄和马褂上均有血迹，并在褂内衣兜里发现禀贴残稿一页，稿中有“山阳冒赈，以利啖毓昌，毓昌不敢受，恐上负天子”等语，突想到前些日子旗杆顶被削斗子被摘一事，遂对丈夫的死因产生了怀疑，急忙找来叔父李泰清等族人看了血衣和残稿，断定李毓昌的死绝非自缢身亡，里犷定有什么重大的阴谋，为歹人所害，大家一致决定开棺验尸。

这天深夜，祠堂内外显得格外庄严肃穆，虽然不时有值班看护人员进进出出，但大家脸上都没有一点笑容，连咳嗽一声都是轻轻的。院落中央的灵柩，被席棚遮护的密不透风，族中的近支长者围棺而立，棺盖揭开，只见李毓昌脸上涂有石灰、口鼻间有血渍痕迹，指尖、牙齿、心窝、腹脐都泛青发黑，以银簪子、伸入口中探视，银白色顿时变成青灰色，明显为中毒迹象，到了这时，族人如梦方醒，知毓昌之死是为人所害。遂商议还是由其胞叔李泰清挑头，前去官府告状，为李毓昌因查赈被害申冤。为了防备王伸汉再派“飞贼”前来焚尸灭迹，便连夜在祠堂院内挖坑，把棺柩深埋地下，以防不测，并增加人员，日夜在祠堂内严加看护。恰在此时，和李毓昌有师生之谊的官到山西巡抚的金口海堤村人初彭龄回家省亲，听说此事后代为写了状子，叫李氏族人直接进京，前去都察院告状，以申冤情。

李泰清和族兄李士磺二人带上血衣等证据和初大人给写的亲笔状纸，昼夜兼程的赶到了北京，直接把状纸递进了都察院里。察院左都御史特克慎一看状纸告的是两江总督，淮安知府和山阳县令等一干大小朝廷命官，知干系重大，非同儿戏，自己也不敢专主，遂在第二天上朝议事时，直接把状纸呈给了嘉庆皇帝。嘉庆阅状后，立即下旨急令两江总督铁保把淮安知府、山阳知县等一批有关联此案的官民人等押解进京会审，又传旨山东巡抚衙门，派得力官员前往即墨起解李毓昌的棺尸至济南蒸骨验毒，一路严加看护，不得有任何闪失，六月十一日，李毓昌的棺柩在山东布政司藩司朱锡爵、寿光县承王会图、安邱县承杨遇春会同即墨知县谭文谟及李毓昌族属李毓奎、李毓庄等的押护下，由即墨解到了省城济南。进京告御状的士琳、士磺二人也己到了济南等候验尸。

山东巡抚吉纶奉旨一面派员起解李毓昌棺柩来济南，一面调委朱锡爵、山东按察司臬司张彤及济南知府徐日簪、武定知府金国宝、登州知府石俊、历城知府王嵩、德州知州周履端、阳谷知县王吉、嘉祥知县周以勋等九名省府州县要员为监验官，选派历城、寿光两县件作孙鹤鸣、牟宣等为检验人员，于六月一十二、十三、十四日三天，在南门外校场搭席棚设案开馆验尸蒸骨。

此时的山阳知县王伸汉，已探听到李泰清晋京告御状的风声，怕罪行暴露，星夜派人赶往济南，用重金买通了一名验尸仵作，让其在验尸时做手脚蒙混过关，这名仵作受贿后，在蒸骨时暗中把从趵突泉中取来的水中放上咸盐，骨殖被蒸煮后，色白和平常人骨没什么两样，看不出有中毒的迹象。李泰清看了心中犯疑，便掬起桶中的余水来品尝，发现水味很咸，知道是仵作在其中作了弊，便当场揭发了有人从中耍阴谋，并哭求监验官们再验一次，于是重新再验。这次蒸骨前，布政司藩司朱锡爵亲自尝验仵作打来的泉水，发现仍旧是咸的，不禁大怒，喝令众衙役当即把件作弊仵作一顿竹杖打死。接着，又第三次取水重验，这次在严加看护下蒸出的骨头尽泛黑色，确系中毒无疑，李毓昌被人毒杀一案已经成立，至于详情，仍有待涉案人犯之口证实。验尸结束后，一边将李毓昌尸骨重加棺椁装殮，送回即墨原籍，一边将验尸情况呈奏朝廷。

嘉庆皇帝接报后十分震怒，立即下旨命军机大臣奕亲王亲自坐镇，由邢部、吏部、礼部、都察院负责查处有关涉案人员；责成两江总督铁保和江苏巡扶汪日章迅即将一干人犯速解进京，不得有仟何遗漏。责成山东巡抚吉纶除将李毓昌棺椁妥善送回即墨外，并将李毓昌家庭境况、眷属及子嗣情况奏报朝廷，以褒奖报与加荫抚恤，还要负责李毓昌的殡葬等事宜。令陕西巡抚方潍甸立即查抄凶犯王伸汉原籍家产，并询明该犯家庭状况以备发落。至此，一个由四部、三省联手破案的“李毓昌查赈遇害案”专案班子开始了各自分工又综合一案的有序工作。在这一命案的勘察审理过程中 ,上从朝廷各部院，下至省府州县，涉案行文上百多件，其中仅嘉庆皇帝御书圣旨就有三十多道，及时批谕此案的进展情况，这在清王朝的诸多命案审理中实属罕事。骤然间，李毓昌命案在北京朝野上下和数省间成了人们议论的中心话题，该案涉案人员究竟如何处理，大小官吏和平民百姓都在拭目以待。