早在距今8千多年前的新石器时代初期，南澳就有人类活动。岛上有两处新石器时代文化遗址，一是东坑仔遗址，一是象山遗址，全岛现在已发现和修复的文物胜迹达50多处。* 西汉元鼎6年（公元前111年）南澳归南海郡揭阳县管辖。
* 明万历三年（1575年）诏设南澳副总兵，即“协守漳潮等处驻南澳付总兵”，分广东、福建两营。
* 清康熙二十四年（1685年）升设总兵，管辖闽南、台湾、粤东海域军事。
* 清雍正十年（1732年）设南澳厅。
* 民国元年（1912年）7月改南澳厅为南澳县。
* 1914年10月，全县原由广东、福建分治划归广东省管辖。
* 清以前行政区域分属福建省沼安县和广东省饶平县，1915年全岛划归广东省管辖，1927年，县城从深澳移至隆澳（后宅）。1950年南澳解放，成立南澳县人民政府，属潮汕专区，1983年汕头地市合并以后，直属汕头市管辖。