秦山岛上地质结构比较简单，全岛由石英岩及大理岩构成，夹有云母片岩，云母石墨片岩夹层，岩层走向北西，倾向北，倾角40°~50°，呈一单斜构造。石英岩及大理岩均厚层坚硬，多断裂构造。构造线走向北东及北西向，沿此发育二组节理，节理倾角60°~70°，岩层受海蚀后多沿节理面裂开，成巨大的岩块崩落。片岩夹层受深 秦山岛赤色崖

度风化，成红土状风化壳，风化层剖面厚度达14米。

受海浪的长期冲击以及历史时期海平面的升降变化，秦山岛经历几度沧桑演变，形成丰富多彩的自然景观。整个岛屿岸线均受海蚀，海蚀崖高20~50米，崖下部受海蚀，崖上部岩层沿节理断面崩落，在崖麓堆积着直径几米至十几米的巨大岩块。岛的北部及醅现代磨蚀阶地宽150~200米，有15米高的海蚀柱、海蚀穹，海蚀现象非常壮观。岛的北侧及西侧已被蚀去大半，地形上不对称，岛的东西两侧岩滩上部堆积一些岩屑砾石，构成砾石坝。