阎敬铭查了账目再查三库。所谓三库，是捐户部管理辖的银库、缎匹库和颜料库。其中绸缎、颜料两库为天下实物贡品收藏处，库内堆积如山，毫无章法，颜料、绸缎、纸张混在一起，月积年累，大都霉烂得无法使用；加上鼠咬虫蛀，毒蛇成群，进出账目是两百多年的流水账，无清无结。银库的问题更大，管理银库的差役、司官没有不贪污偷盗的；职掌出纳的掌库、书办以大秤进、小秤出，天平砝码异常不等，真是弊端累累。
      阎敬铭一反过去堂官所为，花了很大力量，亲自入库清点，认真查对出纳档案，并清查了二百余年的库存和出纳账目。他的做法和态度震动了朝野。通过查帐查库，阎敬铭当场斥逐一批书和差役，并奏参了号称“四大金刚”，原在户部司官的姚觐元、董俊汉、杨洪典及旗人启某。姚、董四人受到清廷“革职回籍”的严厉惩处。

      阎敬铭整顿户部积弊，掀开了户部的许多黑幕，最惹眼的是掀出了云南省的军费报销安案。
      军费报销向来是报销者和户部司官、书办的贪污门路，报销者可以把并非军费的款项纳入军费中去报销，而把大量款项揣入私囊；户部明知有弊而给予报销，就要私收贿赂，通同作弊。云南的军费报销，早在阎敬铭入京职掌户部的半年前就已开始舞弊，曾派粮道崔尊意和永昌知府藩英章，携带巨数公款，来京打点门路。他们先找军机章京、太常寺卿周瑞卿，通过周瑞卿打署理户部尚书的军机大臣王文韶、景廉行贿关说。户部书办一口要十三万两的“打点费”，潘英章等人嫌太多，正在讨价还价的当儿，传来了阎敬铭即将进京接管户部尚书的消息。行贿和受贿双方抢在前面，以八万两白银的贿款，把云南军费报销了结。
      这样的行贿在户部已习以为常，言官们明知内情也不敢揭发，因为它往往牵边朝中大员，故而积弊愈深。阎敬铭上任后大刀阔斧地整顿，使言官们打消顾虑，逐渐敢言了。首先是御史陈启泰上了一首道折，揭参太常封卿周瑞卿和户部司官在云南报销案中受贿的事实。事关重大，朝廷不能不问，便谕旨只派吏部审查，并轻描淡写，对王文韶、景廉显有回护之意。谕旨一发，案子想收也收不住了，御史洪良品把知道的底里一股脑揭了出来，要求对景廉、王文韶即行罢斥，别的候查办。随后邓承修、张佩纶、盛昱等人也都连上奏折，呼吁严行审理云南军费报销案，对王文韶等人严厉制裁。与此同时，阎敬铭以户部的账目不清、三库混乱，参劾户部司官“含混草率”，进一步把矛头指向原为户部尚书的景廉和王文韶。清政府在阎敬铭等人的敦促之下，加紧对案件审理，并派户部尚书阎敬铭会同刑部审理此案。
      案子到了阎敬铭手里，自然就有了结果。与案情有牵连的数十名大小官员，都受到了应得的惩处，如受赃的户部云南司主事孙家穆革职赔赃，徒三年；太常寺卿周瑞卿革职赔赃，流三千里；潘英章、户部主事龙继栋、御史李郁华等也都被革职流放；军机大臣景廉、王文韶都受到降级处分，王文韶被逐出了军机处。其他如户部侍郎许某、崇礼、工部侍郎翁同龢、兵部侍郎奎润等也都有失察之责或有一定瓜葛，分别受到降级罚薪等处分。
      云南报销案的处理，在中国近代史上算是一件大事情。当时如果没有阎敬铭参与审理，很难想象能有谁敢去揭穿这样的黑幕。
      光绪十二年(1886)阎七十寿诞，慈禧太后于元旦日亲笔题赐“龙”“虎”字匾。同年，他以年老奏请将军机处或户部二职去其一，朝廷准免其军机大臣职，俾得专心部务。十四年(1888)因反对重修清漪园(即颐和园)，被革职留任。不久复职。但他以有病四次上疏辞官，得到允准，同年八月回归故里。

       阎回陕后热心地方公益事业，不仅捐款修建义学，而且倡导、督促在(朝邑)县城西侧(今大荔县城东17公里处的朝邑南寨子)建起一座丰图义仓。这是当时全国唯一的一座民间粮仓，可储粮1000万斤。慈禧太后题写仓名：“天下第一仓”。新中国成立后，人民政府仍沿用作为粮站，是陕西省重点保护文物。

      光绪十八年二月初九(1892年3月7日)，阎逝于山西寄寓。清廷追赠太子少保，谥文介。