钟村镇境内出土的东汉（25～220年）墓砖、陶屋和南北朝时（420～589年）的四系陶罐等文物推断，先民很早便在钟村地区活动或居住。但据现存各姓氏族谱记载，大多数是南宋时（1127～1279年）从南雄珠玑巷迁来的。钟村居民的繁衍和发展，主要是从这个时期开始的。
清代，今镇境属沙湾司；民国时为同风乡；建国初期，属禺南西区。1950年禺南西区分为三区和四区，同风乡属第三区（区府设在南村）。1954年三区分为五区和六区，同风乡属第六区（区府设在大石）。1956年，撤区，为钟村乡（大乡）。1958年“公社化”初期，属番禺人民公社大石团。1959年6月从大石析出为番禺县钟村人民公社。1984年公社改区，称钟村区。1987年建镇。钟村地区的行政领导机构历来设在钟村。
钟村镇现辖1个居委和钟一、钟二、钟三、钟四、胜石、诜敦、谢村、汉溪、石一、石二、石三、石四、韦涌、大洲、屏一、屏二、都那17个行政村。按地缘、自然环境大致可划分为五个片：钟村片（钟一、二、三、四村及胜石），谢村片（谢村、汉溪、诜敦），石壁片（石一、二、三、四村），韦涌片（韦涌、大洲），屏山片（屏一、屏二、都那）。