新中国成立后，栖霞地区先后成立燕子矶、中山陵园、栖霞3区，鼎足而处。20世纪50年代至60年代初，成立南京市“大郊区”后，3区建置一度撤销，栖霞地区复又呈“朝分夕合，领属多变，治所无定”的分治局面，其间，江宁县、六合县、下关区、玄武区、鼓楼区等均分别管辖过栖霞地区。1963年4月，燕子矶、中山陵园、栖霞区建置恢复，1965年5月，合并成立栖霞区，3区鼎立局面终结。1970年1月，栖霞区又裂而为二，分设栖霞区和钟山区，至1975年4月，钟山区撤销并入后，栖霞区始最终归于“一统”，并延而至今。
1992年6月，中共南京市委、市政府决定在栖霞区沿江新生圩成立南京新港工业区管理委员会，属正局级市政府直属机构。1995年5月，更名为南京经济技术开发区。1996年1月14日，南京市市长办公会议专题研究加快南京经济技术开发区发展问题，确定从“实际出发，建立开发区与栖霞区联合开发的运行机制”。同年3月28日，开发区与栖霞区正式实施“区区联动、优势互补、共同发展”。
2001年11月30日，江苏省人民政府及南京市人民政府报经国务院批准，决定在栖霞区境内启动仙林大学城建设，成立仙林大学城建设领导小组，由省政府分管副省长任组长，并以栖霞区为主组建仙林大学城管理委员会，由区委书记任主任。
至2007年末，栖霞地区仍延续“栖霞区、开发区和大学城”3区相互依存、互为一体的建置格局。