再度创业

1999年3月，马云正式辞去公职，和他的团队回杭州，
奇人马云下载
奇人马云下载(5张)
以50万元人民币开始了新一轮创业，开发阿里巴巴网站。意识到互联网产业界应重视和优先发展企业与企业间电子商务（B2B），而这种模式被称为"互联网的第四模式"。
1999年10月和2000年1月，阿里巴巴两次共获得国际风险资金2500万美元投入，马云以"东方的智慧，西方的运作，全球的大市场"的经营管理理念，迅速招揽国际人才，全力开拓国际市场，同时培育国内电子商务市场，为中国企业尤其是中小企业迎接"入世"挑战构建一个完善的电子商务平台。
阿里巴巴网站持续为中国优秀的出口型生产企业提供在全球市场的"中国供应商"专业推广服务，帮助企业获取更多更有价值的国际订单，并两次被美国权威财经杂志《福布斯》选为全球最佳B2B站点之一。[10]
马云
马云
马云为完善整个电子商务体系，自2003年开始，先后创办了阿里巴巴、淘宝网、支付宝、阿里妈妈、天猫、一淘网、阿里云等国内电子商务知名品牌，马云也历任多家公司的重要角色[11] ，其中包括阿里巴巴集团董事局主席、软银集团董事、中国雅虎董事局主席[12] 、亚太经济合作组织（APEC）工商咨询委员会（ABAC）会员、杭州师范大学阿里巴巴商学院院长、华谊兄弟传媒集团董事、TNC（大自然保护协会）全球董事会董事、海博翻译社社长和全球生命科学突破奖基金会理事等职务。
马云的创业成功，阿里巴巴集团的成功，使马云多次获邀到全球著名高等学府讲学，当中包括宾夕法尼亚大学的沃顿商学院、麻省理工学院、哈佛大学、 北京大学等。
卸任CEO

2013年1月15日，阿里巴巴集团董事局主席兼CEO马云向员工发出信件，
马云在演讲
马云在演讲
宣布于2013年5月10日起不再担任阿里巴巴集团CEO一职[13] ，将全力以赴做好阿里巴巴集团董事局主席全职工作。
2013年3月11日，阿里宣布陆兆禧接替马云，出任阿里巴巴集团CEO。[14] 马云表示，在接下来的几年内，将主要负责阿里巴巴董事局的战略决策，协助CEO做好组织文化和人才的培养，并将会和大家一起加强和完善阿里的公益事业。
2013年5月10日晚，杭州黄龙体育中心，包括阿里集团来自全球的2.4万名员工，1万多名阿里集团合作伙伴以及来自全球的媒体，出席淘宝10周年庆典暨马云辞职阿里巴巴集团首席执行官卸任晚会。马云做了自己身为阿里巴巴CEO的最后一次演讲。
任职菜鸟网络

马云在演讲
马云在演讲
2013年5月28日，阿里巴巴集团联合银泰集团、复星集团、富春集团、顺丰集团、中通、圆通、申通、韵达等多家民营快递企业，在深 圳联合成立菜鸟网络科技有限公司，并同时启动中国智能骨干网（简称CSN，阿里内部称物流地网）的项目建设，马云卸任阿里巴巴集团CEO职位后，再度出山组建物流网络平台并担任菜鸟网络科技有限公司的董事长。