据出土文物考证，约在四五千年前齐河境内就有氏族聚居。夏商为兖州之域，西周属齐国地。春秋称祝柯，又名督杨。秦朝置祝柯县，西汉高祖十一年（公元前 196 年）改称祝阿县。新莽改祝阿县为安城县，东汉建武五年（ 29 年）复称祝阿县。东晋时祝阿升县为郡，南北朝时又撤郡复县。唐朝天宝元年（ 742 年）改祝阿县为禹城县。乾元二年（ 759 年），迁城于迁善村，即今禹城市区。原县城称耿济镇，宋改耿济镇为济河镇，继称齐河镇。金天会八年（ 1130 年）撤镇改县，称齐河县，隶济南府。     

      元，隶燕南河北道德州。明，隶济南府。清，隶山东布政使司济南府。民国，隶岱北道，继隶济南道。抗日战争时期，县境分北、中、南三个人民政权统辖。分别隶属泺北专署、泰西专署、冀鲁豫区一专署。

       1950 年隶属德州专署， 1956 年长清县河西部分并入本县，隶属聊城专署， 1961 年复隶德州专署（ 1980 年改称行署）， 1994 年 12 月撤消德州地区改称德州市，仍隶德州市。 1989 年底桑梓店镇、大王乡、靳家乡划归济南市历城区。 1991 年全县辖 4 镇 17 乡， 1012 个行政村， 1048 个自然村。
      1995 年 12 月小周乡撤乡设镇，称祝阿镇。全县辖 5 镇 16 乡，即晏城镇、表白寺镇、焦庙镇、赵官镇、祝阿镇、焦斌屯乡、安头乡、宣章屯镇、大黄乡、南北乡、华店乡、刘桥乡、务头乡、潘店乡、大张乡、仁里集乡、马集乡、胡官屯乡、富足乡、贾市乡、大夫营乡。
    2000 年 6 月，部分乡镇合并，合并后辖 9 镇 5 乡。其中，晏城镇、焦斌屯乡、南北乡合并为晏城镇，祝阿镇与大夫营乡合并为祝阿镇，潘店乡与务头乡合并为潘店镇，焦庙镇与贾市乡合并为焦庙镇，胡官屯乡与富足店乡合并为胡官屯镇，仁里集乡与大张乡合并为仁里集镇。

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