仁寿自然资源丰富，森林覆盖率19.96%。野生动物100余种，野生植物130余种，中草药种类达558余种。空气质量和水质量均达国家Ⅱ级标准。地表水沿龙泉山脉东西分流，椰江、越溪河与龙水河、通江河、清水河汇入岷、沱二江。流域面积2222平方公里，总长282公里。年平均径流量9.89亿立方米。1972年在龙泉山西麓建成的省内第一座大型引蓄灌溉工程黑龙滩水库，可蓄水3.6亿立方米，解决仁寿县城区及大部分区乡镇生产生活用水，控灌仁寿、井研、简阳三县田土7.07万公顷。
全县矿产资源丰富，主要有煤、石灰石、膨润土、页岩等。原煤储量2亿吨，发热量5600大卡；煤矸石储量1千万吨；石灰石储量49.8亿吨，氧化钙含量在47%—53%；膨润土储量1千万吨；石英砂储量1亿吨；粘土储量10亿吨以上；白泡石储量500万吨以上。