1923年6月，党的“三大”在广州召开，阮啸仙和谭平山、刘尔崧、冯菊坡四人代表广东党组织出席了大会。大会决定我党与孙中山领导的国民党合作，建立广泛的统一战线。阮啸仙与到会多数代表积极支持这一正确主张。大会以后，阮啸仙以人个身份参加了国民党，并受共产党的委托，在广州地区协助孙中山做好改组国民党的准备工作，被任命为国民党临时区党部执委会常委。为搞好改组宣传工作，阮啸仙起草宣传大纲，组织演讲队，发动进步群众登记入党。他还积极协助委员会建立了会议制度，实行各种会议、决议执行情况检验报告等措施。孙中山对此很赏识，认为这是国民党未曾有过的好办法，值得提倡推广。不久，阮啸仙调任广东区委农民运动委员会委员。这年冬天，阮啸仙和高恬波、董学增等人受党的委派，赴花公开展农民运动。阮啸仙到花县后，走村串户，足迹遍及全县各村。他首先团结教育了农村中的王福山、陈道周等，然后经过他们去广泛宣传发动群众。此外；他还经常利用石龙、平山等圩的圩日；上街公开揭露地主豪绅勾结贪官污吏、土匪恶霸剥削农民的罪行，号召农民组织起来与他们作斗争。当时，他正身患肺病，但毫不顾惜自己，仍废寝忘食地深入到各村庄做工作。每到一村，必与群众同吃同劳动，同时向农民讲解成立农会的宗旨，发动农民组织起来。
1924年10月19日，花县农民协会暨二区农民协会同时成立。阮啸仙代表省农民协会亲临指导，亲笔在会址五湖村王氏大家祠显承堂门旁书写了“坚忍卓绝为吾人本色，奋斗牺牲是我辈精神”的大对联，并在大会上讲了话。1925年春，阮啸仙受党组织的委派，赴顺德帮助建立农会。同年10月，农民运动改为由中共广东区委直接领导，同时设立了区委农民运动委员会，阮啸仙任农委书记。为了集中力量从事农民运动，阮啸仙决定与国民党脱离关系。于是，他便在广州民国日报刊登“阮啸仙启事”，表示自动脱离国民党，专做农运工作。翌年春，阮啸仙与彭湃创办了广州第三届农民运动讲习所，由阮啸仙担任主任。该届农讲所所址在广州市东皋大道一号。在阮啸仙的主持下，农讲所共招收学员120多人。阮啸仙亲自给学员讲授《农民运动问题》等课。他是第一届至第六届农讲所教员，并介绍弟弟阮致中参加了第五届农讲所学习。因当时弟弟县薄体弱，过不惯农讲所艰苦的生活和紧张的军事训练，产生过畏难情绪。阮啸仙知道后，鼓励弟弟要好好锻炼，阮致中在他的教育引导下，走上了革命的道路。
1926年11月，中共中央设立农民运动委员会，毛泽东担任书记，阮啸仙和彭湃等为委员，领导全国农民运动。