1927年4月12日，蒋介石在上海发动了震惊中外的反革命政变。广东的国民党反动派在蒋介石的授意下，也在4月15日对中国共产党人和革命群众进行了血腥的大屠杀。阮啸仙成了南京国民党中央执监联席会议通缉的179名共产党主要干部之一。在这个险象环生的白色恐怖中，阮啸仙并没有被吓倒。他相信革命的高潮一定会到来，坚信中国革命一定会胜利。当时，阮啸仙正在粤北农村开展农民运动，获悉广州国民党大肆屠杀共产党人的消息后，十分气愤。他拖着重病，不顾个人安危，秘密化装潜回广州，积极协助广州区委部署地下斗争工作，组织开展反对国民党反动派的斗争，经常废寝忘食，深更半夜才回家。
1928年1月，阮啸仙受党组织的派遣，来到粤北仁化县，配合广州起义组织武装暴动。此间，朱德、陈毅率领南昌起义失败后保存下来的部分部队退到粤北，并在仁化县作短期休整。在朱德、陈毅等的帮助和支持下，阮啸仙组织了声势浩大的仁化农民暴动，建立了仁化苏维埃政府，阮啸仙被推选为苏维埃政府主席。在四面白色政权的包围中，他呕心沥血培养的仁化苏维埃红色政权巍然屹立了10个月之久，为大革命失败后探索新的革命道路作出了重要的贡献。
1928年6月 18日至7月 11日，中国共产党第六次全国表大会在莫斯科举行。阮啸仙在以李立三为团长的带领下，与邓中夏、苏兆征、李富春等人作为广东代表团代表，参加了由翟秋白、周恩来主持召开的这次会议。会上，阮啸仙就“六大”政治报告和农民与土地问题作了发言，对仁化农民武装暴动的斗争情况也作了详细的介绍。他的正确分析和结论，受到大会的重视，也引起了前来参加大会的苏联同志的极大兴趣。大会选举阮啸仙为中央审查委员会委员。尔后，阮啸仙奉命留在莫斯科，负责整理仁化苏维埃和海陆丰苏维埃的材料，系统地总结了苏维埃政权的经验教训，作为“六大”会议资料存入档案。
1929年，阮啸仙奉党中央之命，从莫斯科回国，旋即参加江苏省委的领导工作。翌年春，奉调党中央宣传部工作。不久，又调任中共北方局组织部长，辗转于天津、内蒙、辽宁、上海等地，在敌人的白色恐怖下，坚持党的地下斗争，包括在思想文化战线上同国民党及其御用文人进行针锋相对的斗争。
1930年冬，阮啸仙赴沈阳指导中共满洲省委工作。1931年9月18日，日本帝国主义侵占沈阳，中共满洲省委遭到破坏，党的一批重要干部被捕。阮啸仙幸而走脱，只身潜回上海。不久，中共在上海的机关也遭到敌人破坏，阮啸仙因而与党组织失去了联系。这年冬抱病外出寻访党中央机关。因体弱身衰，倒在路上，不省人事。幸遇路人帮忙，送入上海格路红十字医院，直至第二天才脱离危险。此时，他贫病交加，身无分文，阮啸仙写信给家乡亲友，请求给予救济，并表示要继续寻找党组织。直至第二年的年初，阮确他才与党中央取得联系，找到党组织，终于回到了党的怀抱。阮啸仙在与党组织联系上后，立即又投入到革命斗争之中1932年冬，阮啸仙奉调上海任全国互济总会救援部长，与总会会长邓中夏等人一起，积极参加救援革命人士的行动。互济会是在我党领导下的革命群众组织，以反对帝国主义和国民党的血腥镇压，反对逮捕、屠杀革命进步人土，争取释放政治犯，援救被捕的革命同志和安置烈属等为主要任务。翌年春，互济总会会长邓中夏不幸被捕。阮啸仙与互济总会的左洪涛等人一起，想方设法，积极组织营救。阮啸仙还亲自冒险去找宋庆龄，请她协助援救邓中夏，终因无效，邓中夏被国民党反动派杀害。