1933年9至10月间，由中央交通员带领，从上海坐船到汕头，搭火车到潮安，乘船到大埔，然后步行到福建汀州，由中央苏区派来的4个红军大学战士护送，辗转进入中央革命根据地中心——江西瑞金叶坪村。阮啸仙来到了向往已久的中央苏区。早在1931年11月，在瑞金叶坪召开的震惊中外的中华苏维埃共和国第一次代表大会上，阮啸仙就因久负盛名，虽在白区工作，未参加会议，仍被选为中华苏维埃共和国临时中央政府的中央执行委员，与毛泽东、朱德等人一起参加临时中央政府的领导工作。阮啸仙到瑞金不久，即1934年1月间，中华苏维埃共和国第二次代表大会又在瑞金召开。阮啸仙出席了大会，并继续当选为中华苏维埃共和国中央执行委员会委员。2月3日，阮啸仙被中华苏维埃临时人民政府任命为中央审计委员会主任，成为我党第一任中央审计委员会主任，是人民审计制度的奠基者。
中央审计委员会，是在中央执行委员会直接领导下的中央政府的一个重要部分。其主要职责是审核国家的年度收入与支出，监督国家预算的执行。这是关系到中央苏区的经济建设和红色政权能否巩固的大事。“二苏”大会一结束，阮啸仙就到审计委员会就任。当时，正值第五次反“围剿”期间，国民党反动派在对中央苏区发动大规模的军事“围剿”的同时，还实行了严密的经济封锁，致使根据地的经济和供给十分困难。
阮啸仙一上任，就在中央和地方各级政府和红军内部设立了审计委员会审计员和稽查员。然后，组织他们系统学习《中华苏维埃共和国执行委员会审计条例》等审计法规，要求每个审计员和稽查员必须逐章逐条弄懂弄通，严格执行。为了增加苏维埃政府的财政经济收入，严格控制经济开支，保证党政机关和军队的供给，阮啸仙率领审计委员会的全体同志，从事着极其艰苦的工作，调查研究，夜以继日，呕心沥血地致力于中华苏维埃审计工作。阮啸仙首先率领全体审计人员，到中央机关各部委这些“重点单位”，审查财政预算、开支、决算和计划等“重点问题”。通过审查中央总务厅、财政部。国民经济部等十几个部委3月份的帐目，发现中央各部共有工作人员849人，机构臃肿，人浮于事，经费开支过大。阮啸仙将此情况及时地向中央执行委员会作了详细报告。中央对此很重视，立即裁减了中央机关工作人员169人，既节省了开支，又提高了工作效率。接着，阮啸仙又率领全体审计员，审查了国家企业单位经济收入状况。他先后召集中央印刷厂、邮政总局、贸易总局、粮食调运总局等单位负责人开会，严肃指出他们存在的“不考察产品的成本，不知道计算盈亏，有钱就用，没钱就向国家主管机关要”的弊端，要求他们加强成本核算，健全会计制度。在审计工作中，阮啸仙极力主张“公开审计”。要求中央审计委员会对行政、企业单位的经济活动进行审计后，要形成书面报告，在肯定成绩的同时，指出存在的问题，并针对不同情况提出可行性建议。报告写好后，还要将它张贴在该单位醒目之处，供大家审查监督。阮啸仙还根据中执委的指示，与中央工农检察部密切配合，组织肃贪“突击队”和清腐“轻骑队”，查处群众揭发的腐败分子。由于依靠群众，监督得力，苏区首府瑞金县共查处腐败分子7人，其中有县财政部会计科长、区军事部长、“区苏”主席等；追缴被贪污公款6000多元。这些措施，有力地打击了苏区的贪污腐败现象，弘扬了正气。与此同时，阮啸仙在审计工作中发现，从揭发出来的贪污浪费现象看，许多问题与一些部门的领导干部不懂经济、官僚主义有很大关系。于是，阮啸仙通过审核各机关企业的预算和会计帐目，推动了各级领导学习经济管理，反对官僚主义的深入进行。阮啸仙以自己的模范行为来影响全体干部。他长期患肺结核病，身体非常虚弱，又高度近现，但他常常带病在油灯下工作到深夜。