1934年8月，由于王明“左”倾错误指挥，中央苏区红军战事屡遭失败，中央根据地日益缩小。9月，阮啸仙奉命调中央赣南省委，担任省委书记兼任军区政治委员。虽受命于危难之际，但阮啸仙不计较个人得失，仍然保持坚强的共产主义信念，一到任就投入到牵制敌人，掩护主力红军集结，实行战略大转移的紧张工作之中。从10月上旬开始，中央机关和红一、三、五、八、九军团，先后撤离战场，隐蔽集结在于都县城及手都东北地区。为了掩护和支援中央机关和红军主力尽早集结和安全突围，阮啸仙于10月15日在于都县城谢家祠主持召开了赣南省、县、区三级干部大会，讨论和决定了反对敌人“围剿”和开展游击战争的问题。赣南省军民在阮啸仙、蔡会文、刘伯坚等人的领导下，积极收集物资器材，协助主力部队抢架浮桥。仅4天时间，就在律山花桥至孟口之间约60公里的贡江河面上，架起了五座木板浮桥。在赣南苏区军民的支援和掩护下，中央机关和红军主力组成的野战军8万多人，于10月21日至对日顺利突破了敌军设在安远、信丰间的封锁线，迅速突围西进。
中央主力红军离开中央革命根据地长征后，阮啸仙奉命与项英、陈毅等领导人，留在赣南坚持游击斗争。此时，苏区的形势一天比一天严峻，敌人以重兵设置重重包围圈。阮啸仙不顾身患重病，以于都、安远、兴国、信丰等县为中心区域，领导赣南地方军开展游击战争。11月，中央苏区的全部县城陷于敌手。翌年1月初，敌军已侵占了于都的畚岭、小溪、乱石等地。下旬，阮啸仙与赣南军区司令员蔡会文等人领导的赣南省机关部队，被迫退至禾丰地区。至2月中旬初，项英、陈毅、贺昌等率领的中央分局、中央政府办事处等机关部队，也从黄龙的井塘村转到禾丰一带，与阮啸仙等人会合在一起。敌军得悉后，立即派出重兵进行包围封锁。被围的机关部队如不迅速突围出去，将有全军覆没的危险。阮啸仙以惊人的毅力部署工作，指挥突围。在这万分危急的情况下，阮啸仙亲自起草了一份给林匡支队长、刘英政委的指令，要他们以连为单位迅速突围转移！当各路部队突围后，项英、陈毅、阮啸仙等领导的突围队伍，才开始分路突围。阮啸仙、蔡会文与赣南军区政治部主任刘伯坚等率领赣南省党政机关向赣粤边方向突围。至信丰牛岭一带时，遭敌军重兵阻击。虽经奋力冲杀，终因山高林密，敌人封锁严密，阮啸仙率领的队伍未能杀破重围，队伍被冲散，伤亡重大！敌军在地方“铲共团”的带领下，派重兵封锁了牛岭、各岭一带。敌军凭借险要地形，妄想把突围部队消灭在这一带的大山里。在这危急时刻，阮啸仙命令早已抢占牛岭以东高地的重机枪连，用猛烈的火力，从侧背袭击敌人，并命令另一部分战士从西面斜刺里杀向敌人。狡猾的敌人发现突围部队的意图，赶紧集中火力，死命向突围战士射击。子弹像飞蝗一样，落在阮啸仙的前后左右。但他毫不畏惧，一边指挥队伍狙击敌人，一边率领战士匍匐前进。就在部队越过牛岭、畚岭之间的封锁线，经过信丰上小埂时，阮啸仙不幸被一颗流弹击中，壮烈牺牲。