南通医学院的前身是私立南通医学专门学校，1912年3月由南通大学清末状元张謇及其兄张詧创办，是中国最早创办的高等医学院校之一。1927年南通医学专门学校改为私立南通医科大学,1928年南通的农、纺、医三所大学合并为私立南通大学，继而成为南通大学医科。1930年11月私立南通大学改为南通学院。1937年下半年日本帝国主义扩大侵略战争,南通学院被迫停课。1938年8月南通学院迁至上海，农科、纺织科复课，医科与江苏省立医政学院合并建成国立江苏医学院。1946年，南通学院院本部迁返南通，同时恢复医科。1952年全国高等学校院系调整，南通学院医科改建为公立医学院,定名苏北医学院。1956年改名南通医学院，1957年南通医学院迁往苏州,改名苏州医学院，同时，在南通建立苏州医学院南通分部，1958年南通分部又改为南通医学院。1958年，南通医学院归属江苏省管理。1978年9月,隶属关系改由交通部和江苏省双重领导，以交通部领导为主的体制。2000年2月起，南通医学院由隶属交通部划转江苏省人民政府管理,实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制。