南通师范学院是由原南通师范专科学校和南通教育学院于1999年3月经国家教育部批准合并组建的本科高等院校。南通师范专科学校创建于1958年,1962年停办。1976年12月经省政府批准以“扬州师范学院南通分院”名称恢复办学，1979年2月经国务院批准,恢复“南通师专科学校”校名。南通教育学院前身是南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院。南通地区教师进修学院于1959年经省教育厅批准成立，1963年停办。1982年3月经省政府同意，建立南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院,1983年3月南通市委决定两院合并，建立新的南通市教师进修学院。同年7月，经省政府批准南通市教师进修学院定名为南通教育学院。

2004年5月18日，经教育部批准，南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科院校合并组建南通大学。2009年被批准为博士学位授予立项建设单位。