于成龙在福建上任伊始，就做了一件为民称颂的好事。当时一清廷为对付台湾郑氏的抗清势力，实行了“海禁”政策。当地统治者不顾连年兵祸，民不聊生，动辄以“通海”罪名兴起大狱，使许多沿海渔民罹难。于成龙在审阅案卷时，发现每案被拟极刑的就达数十人或上百人之多，甚至殃及妇女孺子。于是他坚决主张重审，对怕得罪清室而劝阻他的人说：“皇天在上，人命至重，吾誓不能咸阿从事！”在他的力争和主持下，先后使千余名百姓免遭屠戮而获释，贫困不能归者还发给路费。
    康熙十八年（1679年）夏，于成龙在按察使任上第三次举“卓异”后升任省布政使。福建巡抚吴光祚还专疏向朝廷举荐，称于成龙为“闽省廉能第一”，从此，于成龙得到清廷的赏识和破格招用。康熙十九年春，康熙帝“特简”于成龙为畿辅直隶巡抚，翌年春，又召见于成龙于紫禁城，当面褒赞他为“今时清官第一”，并“制诗一章”表赐白银、御马以“嘉其廉能”。未逾两年，又出任为总制两江总督。
    身为“治官之官”，于成龙始终把整顿吏治放在工作的首位。他指出：“国家之安危由于人心之得失，而人心之得失在于用人行政，识其顺逆之情”。“以一夫不获曰予之喜，以一吏不法曰予之咎，为保郅致政之本。”在黄州时，他衣内的布袋便利了治盗。升巡抚后仆人请去掉，他笑道：“此袋昔贮盗，今以贮奸贪不省之官吏，未可去也！”他新任直隶，即发出清查庸劣官员的檄文，责令各属将“不肖贪酷官员”，“昏庸衰志等辈”“速行揭报，以凭正章参处”。针对各属贿赂公行，请客送礼之风，他从利用中秋节向他行贿的官员开刀，惩一儆百。他赴任江南，入境即“微行”访于民间，面对“州县各官病民积弊皆然而江南尤甚”的状况，不禁叹曰：“噫！吏治败坏如倒狂澜，何止时乎？”很快颁布了《兴利除弊约》，其中开列了灾耗、私派、贿赂、衙蠹，旗人放债等15款积弊，责令所“自今伊始”，将所开“积弊尽行痛革”。与此同时，他根据自己的体会，又制订了以“勤抚恤、慎刑法，绝贿赂，杜私派，严征收，崇节俭”为内容的《新民官自省六戒》作为地方官的行为准则。方法上，他举优劾贪，宽严并济，时人说凡他所到之处，“官吏望风改操”。康熙帝也称其“宽严并济，人所难学”。
     对廉洁有为的人材，于成龙反对论资排辈，他对清廷死板的任官“考成”制提出异议，认为不利于吏治建设，造成“问其官则席不暇暖，问其职则整顿无心，势彼然也，”常常使“远大之辞，困于百里，深为可惜！”为此，他屡上疏推荐人材。如直隶通州知府于成龙（史称小于成龙）、江苏布政使丁思孔等都是较有作为的清廉官吏，由于他的举荐而受到康熙帝的重用。
    于成龙对科考和教育也十分关心。在文化发达的江南地区，官僚、势豪贿通学政，科考中舞弊之风盛行，贫苦士子虽皓首穷经却往往落榜。针对这种状况，于成龙规定：一旦发现弊行，“立刻正章入告，官则摘印，子衿黜革候者按律拟罪。其蠹胥、奸棍即刻毙之杖下”。对教育的重视还表现于他在各地兴办学校上。即使是像罗城那样条件困难的地区，他也很快办起学堂，并鼓励徭、壮子弟入学。他多以倡导地方绅仕捐资的方式兴办“义学”。
     于成龙的官阶虽越升越高，但生活却更加艰苦了。为扼止统治阶级的奢侈腐化，他带头实践“为民上者，务须躬先俭仆”。去直隶，他“屑糠杂米为粥，与同仆共吃”，在江南是“日食粗粝一盂，粥糜一匙，侑以青菜，终年不知肉味。”江南民因而亲切地称他作“于青菜”。总督衙门的官吏在严格的约束下，“无从得蔬茗，则日采衙后槐叶啖之，树为之秃。”他天南地北，宦海20余年，只身天涯，不带家眷，只一个结发妻阔别20年后才得一见。他的清操苦节享誉当时。据载，当他出任两江总督的消息传出后，南京布价骤然上涨，“金陵阖城尽换布衣。即婚嫁无敢用音乐，士大夫减驱从，毁丹亚，至有惊恐喘卧不能出户者，……奸人猾胥各拿妻鸟兽窜”。卒后居室中只看到“冷落菜羹……故衣破靴，外无长物”。
    于成龙逝世后，南京“士民男女无少长，皆巷哭罢市。持香楮至者日数万人。下至莱庸负贩，色目、番僧也伏地哭”，可见中下层人民对他的死是十分悲痛的。康熙帝破例亲为撰写碑文，这是对他廉洁刻苦一生的表彰。
    于成龙擅长书法，诗词亦工。他的著述、奏稿等先后由其门人和孙于准辑成《于山奏牍》7卷附录1卷和《于清端公政书》8 卷行世。此外，于成龙任职直隶和两江期间，曾组织编写了他《畿辅通志》46卷、《江南通志》54卷，对整理和保存当地政治、经济、文化资料做出了贡献。

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