教学建设

截至2014年6月，菏泽学院有省级人才培养模式创新实验区1个，省级实验教学示范中心1个，省级特色专业6个，省级卓工计划专业2个，山东省专业综合改革试点1个，省级精品课程22门，省级双语教学示范课程1门。[5]
省级人才培养模式创新实验区（1个）
菏泽学院教师教育专业人才培养创新实验区。
省级实验教学示范中心（1个）
机电工程实验教学中心。
省级特色专业（6个）
生物教育、心理咨询、物理学、财务管理、化学工程与工艺、生物科学。
省级卓越工程师教育培养计划专业（2个）
机械电子工程、食品科学与工程。
山东省专业综合改革试点（1个）
财务管理。
省级精品课程（22门）
文学概论、写作、思想道德修养与法律基础、微生物学、人体组织解剖学、数字电子技术、排球、电路分析基础、高频电子线路、模拟电子技术、C语言、软件工程、数据结构、金工实训、电工实训、数控实训、汽车实训、传感器原理及应用、微机原理与接口技术、DSP原理与应用、数字信号处理、信号与系统。
省级双语教学示范课程（1门）
植物生理学。
学术科研

科研平台

截至2013年12月，菏泽学院有省级重点实验室1个，省级人文社科研究基地1个，省级非物质文化遗产研究基地1个。
省级重点实验室（1个）
动物生理生化与应用实验室。
省级人文社科研究基地（1个）
水浒文化研究基地。
山东省非物质文化遗产研究基地（1个）
音乐系。
科研成果

截至2014年6月，菏泽学院主持了国家级立项课题4项、省部级39项、市厅级80项，获得省部级、市厅级奖励253项，在核心期刊发表论文1167篇，三大索引收录论文365篇。
学术资源

图书馆
截至2012年11月，菏泽学院图书馆有图书资料281万册，其中，纸质图书165万余册，电子图书116万余种，图书内容涵盖了文、史、艺、经、法、管、教育、理、工、农十大学科门类，包括《四库全书》、《续修四库全书》、《古今图书集成》、《四部丛刊》、《万有文库》、英文版《化学文摘》、《申报》等重要典籍。每年订购各类中外文报刊1万余种，其中纸质报刊近2000余种，电子期刊9000余种。馆内还拥有包括超星数字图书馆、超星读秀、同方知网中文期刊全文数据库、万方科技子系统、万方中国学位论文、万方论文相似性检索子系统、人大复印报刊资料全文数据库、维普考试资源系统、Springer Link外文数据库、EBSCO外文数据库；自建菏泽地方文献电子资源数据库、菏泽学院优秀学位论文数据库、馆藏书目数据库以及随书光盘数据库4个电子资源数据库。[13]
学术期刊
菏泽学院主办的《菏泽学院学报》是《中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国科技期刊数据库》收录期刊，《万方数据-数字化期刊群》入网期刊，《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》统计刊源。《菏泽学院学报》是全国高校优秀社科期刊、全国优秀社科学报、全国高校优秀自然科学学报、教育部优秀科技期刊。