金乡县地处南四湖西，黄泛平原的下游，历史上饱受黄河决泛冲击，上游的河水常年经过 乡注入到南四湖，因此金乡县境内河流众多，截至2006年，全县有大、中、小河道24条，河流总长度为307.6公里，河堤总长度为572.4公里。直接流入南四湖的河道有4条，形成4个水系。
东鱼河水系

东鱼河（原称红卫河）是南四湖流域第一排水大河，是60年代为调整湖西万福河水系减少南阳湖汇水面积大的负担，治理万福河流域尤其是下游地区（金乡、鱼台等县）洪涝灾害而新开挖的一条大型骨干排水河道。上游始于东明县刘楼村南，金乡县境内河段长21.5公里，流域面积56.63平方公里，其支流有白马河、惠河。
老万福河水系

老万福河发源于金乡镇刘堂村，于高河乡东佳村出境，流经鱼台县宋湾东入南阳湖。金乡境内长度为14.5公里，县内流域面积349.42平方公里，金乡境内支流有白马河、苏河、东沟、莱河金济河。
新万福河水系

新万福河是1956~1957年原万福河刘堂坝上段纳入南大溜，进行裁弯取直治理后命名的。源于定陶县大薛庄，于马庙乡陈海村流入金乡，至卜集乡张烧饼村东出金乡，于济宁郊区大周村南流入南阳湖。金乡境内长度为30.9公里，境内流域面积360.35平方公里，境内支流有彭河、友谊沟、吴河、金成河、老西沟、大沙河。
北大溜水系

源于羊山镇关帝村东，于卜集乡后张村出境，至济宁郊区大王楼村东南流入南阳湖。县内总长20公里，县内流域面积114.16平方公里，境内支流是蔡河。
地下水

金乡县地下水垂直可分为淡―咸―淡三层。中层咸水不适人畜饮用，没有开采价值。深层淡水平均在地下150米以下，开采起来比较困难。浅层淡水平均在地下10~30米，水层厚度9~25米。金乡境内地下水资源现状年为1.95亿立方米，水资源较为丰富，有利于的农业发展。
从水质上看，地表水呈弱碱性，总硬度在1.21~29.7之间，属轻度硬水或硬水，水质一般，绝大部分符合农业灌溉要求。地下浅水层水质总硬度一般在20~40德度之间，属弱碱性水，符合农田灌溉标准。
地表水

地表水资源可利用量2亿立方米，其中拦引湖水排灌区6000 万立方米，结合区2000万立方米，井灌区500万立方米，合计 8500万立方米；引黄河尾水3000万立方米；蓄积当地径流水排灌区1100万立方米，结合区 1800万立方米，井灌区3200万立方米。池塘、水坑蓄水 500 万立方米，深河槽蓄水 2000万立方米，合计蓄水总积量 2500万立方米。