元朝灭亡之前，鄂尔多斯地区被元朝太傅、中书左丞相、河南王扩部帖木尔所占有。至明朝初期，扩部帖木尔被赶出鄂尔多斯，鄂尔多斯属明王朝派员管辖。但不久，故元势力和蒙古各部相继进入鄂尔多斯地区。在一个多世纪里，明王朝多次派军进攻。但始终未能如愿。后明朗在鄂尔多斯南部修筑长城，加设边关，将鄂尔多斯让给了蒙古军，并将阿拉坦汗加封为顺义王，两家关系才得以缓合，公元1371年，明朝在今鄂尔多斯南部设察罕脑儿卫，在东胜北部设东胜卫。
　　清顺治六年(公元1649年)，清朝将蒙古族鄂尔多斯部落分为6个旗：鄂尔多斯左翼中旗(原郡王旗)，方位在河套内正中近东，扎萨克驻敖西喜峰；鄂尔多斯左翼前旗(现准格尔旗)，方位在河套内东南，扎萨克驻扎拉谷；鄂尔多斯左翼后旗(现达拉特旗)，方位在河套内东北，扎萨克驻巴尔哈逊湖；鄂尔多斯右翼中旗(现鄂托克旗)，方位在河套内正西近南，扎萨克驻锡拉布里多诺尔；鄂尔多斯右翼前旗(现乌审旗)，方位在河套内西南，扎萨克驻巴哈诺尔；鄂尔多斯右翼后旗(现杭锦旗)，方位在河套内西北，扎萨克驻鄂尔吉虎诺尔河；后增设鄂尔多斯右翼前未旗(原扎萨克旗)。方位在河套内中西部，扎萨克驻忽鸡图希里。光绪三十三年(公元1907年）清朝在鄂尔多斯左翼中旗东部被开垦的地区设东胜厅。
　　中华人民共和国建立后，鄂尔多斯于1950年普遍组建了行政政权，各旗县下辖区、乡、行政村(牧区称达尔古)、自然村(牧区称小 达尔古)。1953年7月，鄂尔多斯将基层政权的行政村人民政府改为乡人民政府。1956年，全市69个区撤销37个，新建26个苏木。1958年10月，将当时的50个乡、23个苏木、5个乡级镇改为人民公社，其时伊盟（今鄂尔多斯）共下辖7旗、l县、78个人民公社、444个生产大队(其中有100个牧业大队)、2173个生产队(其中有468个牧业生产队)。1984年，伊盟（今鄂尔多斯）将人民公社改为乡、苏木，大队改为村、嘎查。