1905年底，张謇在南通营建博物苑，开始了中国博物馆事业的实践。同年，他还上书清政府，建议为顺应世界发展潮流、适应中国社会需要，在京城创办博物馆，进而推广到中国各地。张謇的热忱建言，没有被没落的清政府采纳，而他克服艰辛、苦心经营的博物苑却获得成功；他对博物馆的精到论述，也成为中国博物馆学的理论基石。本属江头海角的小城南通，因此而成为中国博物馆事业的发祥地。

     1938年3月后，南通博物苑沦为日本侵略军的马厩，惨遭破坏，博物苑的藏品除少量转移它处外，大部分被劫被毁。新中国成立后，博物苑才获得新生，历经百年沧桑，如今的博物苑有了新的发展，总占地面积扩展为7万多平方米。经过全面规划和建设，作为历史文化保护区的北部，原有的南馆、中馆和北馆等老建筑受到完好地保护，一些毁失的早期场景，还将逐步得到复原；西南部开辟为新展区，新建的现代化新展馆，除布置有基本陈列外，还经常不定期地举办临时性展览；规划的东部将建成文博景廊、南部将建成生态展示区。整个苑内新老建筑组合和谐，浓郁的文化氛围和优美的园林环境，既彰显历史的典雅，亦洋溢着新时代的光彩。

建国前

1905年，张謇将建设中的通州师范学校公共植物园规建为“博物苑”，创建了中国第一个公共博物馆，隶属通州师范学校管理。张謇自为苑总理，孙钺为苑主任。

1912年，通州改建置为南通县，博物苑脱离通师而独立，称“南通县博物苑” 。

1927年，博物苑附属于南通学院。1935年7月博物苑回归通师代管。

1938年，3月17日，日本侵略军侵占南通，南通博物苑遭到破坏和掠夺，苑址被日军占用为马厩，文物除一部分在南通沦陷前夕转移外，大部分散失。

建国后

1949年，2月2日，南通解放，南通市人民政府着手恢复南通博物苑，于1950年成立南通博物苑修建委员会，并开始修建工作。

1951年，修建后的博物苑改称为“南通博物馆”，由钱啸秋副市长兼任南通博物馆馆长。同时将原博物苑园林部分另划为人民公园。

1952年，8月，改称“苏北南通博物馆”，直属苏北人民行政公署文教处。

1953年，苏南苏北合并，改称“江苏省南通博物馆”，直属江苏省人民政府文化事业管理局。同年7月，江苏省文化事业管理局决定将南通博物馆委托南通市人民政府文教科代管。

1954年，4月，江苏省人民政府决定撤销江苏省南通博物馆，馆藏文物、家具大部分移交江苏省博物馆筹备处。

1956年，5月21日，文化部副部长郑振铎在全国博物馆工作会议中提出：“中国博物馆事业的历史并不太久，最早的公共博物馆，除了帝国主义者们在沿海地区所办的几个之外，要算是张謇他们办的南通博物苑了。”6月9日，江苏省人民政府决定恢复南通博物馆。

1957年，4月，江苏省人民委员会决定重建南通博物馆，作为南通市文化事业机构之一，由南通市领导。8月，南通博物馆筹备处成立。9月，开始维修馆舍。

1958年，10月1日，南通博物馆正式恢复，由尤勉斋任馆长。

1968年，9月，南通博物馆与南通市图书馆、文化馆、市劳动人民文化宫、唐闸工人俱乐部合并为南通市劳动人民文化馆，成立革命委员会。

1972年，12月，南通市革命委员会决定将图书馆、博物馆从劳动人民文化馆划出，成立南通市图书、博物馆革命委员会。

1973年，4月，建立中共南通市图书、博物馆支部。

1976年，10月，南通市革命委员会决定撤销图书、博物馆革命委员会，分别成立南通博物馆革命委员会和南通市图书馆革命委员会。

1977年，1月，启用“南通博物馆革命委员会”印章。

改革后的变化

1978年，12月，市委组织部任命：穆烜同志任南通博物馆党支部书记，徐冬昌同志任南通博物馆馆长。

1979年，1月，恢复“南通博物馆”名称，同时启用新印章。

1984年，4月，江苏省文化厅同意恢复南通博物苑原名及原貌。7月，正式恢复“南通博物苑”名称。

1999年，12月28日，南通市人民政府决定：人民公园成建制并入博物苑，结束了原博物苑长期分为两个单位的状况，恢复到创苑初的包括园林部分的南通博物苑。

2000年，11月，国家文物局批复《南通博物苑保护利用规划》。

2001年，2月，南通市文化局副局长周德芝兼任南通博物苑苑长。

2002年，8月14日，南通博物苑委托吴良镛院士为苑设计新展馆。

2003年，3月，南通博物苑总体规划和新馆建设论证会在北京举行。5月，南通市市文化局副局长王栋云兼任南通博物苑苑长。7月，国家文物局批复《南通博物苑规划设计 单体方案》。

2004年，3月15日，中华人民共和国文化部和国家文物局同意共同举办：南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年庆典活动。

2005年，9月24日至26日，南通博物苑百年暨中国博物馆事业发展百年纪念大会庆典在江苏南通隆重召开，该活动由中华人民共和国文化部、江苏省人民政府、国家文物局主办，江苏省文化厅、南通市人民政府、江苏省文物局、中国博物馆协会、中国自然科学博物馆协会协办。中共中央政治局常委李长春、全国政协副主席刘延东发来贺电，向大会表示祝贺。中国政协副主席张克辉为“南通博物苑一百年暨中国博物馆事业发展百年纪念牌”揭牌。大会当天，隆重举行了中国博物馆事业发展百年展暨南通博物苑新馆的开馆仪式。庆典期间，在南通博物苑新馆的学术报告厅内举行了主题为“博物馆与城市发展”的中外博物馆馆长高层论坛。中国博物馆学会于9月25日在南通市行政中心举行了年会暨学术研讨会。