1. 广珠城际轨道线:(广州到珠海拱北关口)；
为珠三角西岸城际客运主轴，主线北起广州南站，途经佛山（顺德）、中山，终点至珠海市拱北口岸，主线全长142 .2km，包含江门支线26km，2005年12月动工建设，预计2010年建成通车。广珠城际在珠海境内长25 .5km，设站5座，平均站间距5.9km.途中，与珠海机场城际、2号线在珠海站换乘，在前山站可以通过通道和1号线的三台石路站换乘。
2. 广珠城际轨道延长线:(珠海拱北关口经横琴到珠海机场)；
即广珠城际延伸线，线路全长37.5km，设站11座，平均间距3 .8km.途中，线路在珠海站与广珠城际、2号线换乘，在实验学校站与珠斗城际换乘，在珠海机场站与江珠城际换乘。珠海机场城际在横琴岛的莲花站预留与澳门轻轨衔接条件。
3. 广佛江珠城际轨道线:( 广州经佛山、江门、珠海斗门到珠海机场)；
起点为广州地铁13号线的荔湾站，经过佛山、江门市到达珠海的唐家湾，线路全长172公里。广佛江珠城际在珠海境内全长15.8km，设站6座，平均站间距3km.途中，和2号线在梅华路站换乘，终点在唐家湾站和珠深城际换乘。
4. 珠斗城际轨道线:(珠海香洲经金湾、红旗到江门斗山)；
整条线路全长100km，线路在珠海境内全长41.6km，设站7座，平均站间距6km.途中，与珠海机场城际在实验学校站换乘，与3号线在白蕉站换乘，与江珠城际在新青站换乘。
5. 珠深城际轨道线:(珠海到深圳)；
线路起点为广佛江珠城际线上的唐家湾站，经淇澳岛后东折至内伶仃岛，接着北折至深圳南山接入穗莞城际的前海湾站，线路长40km.珠深城际线，在珠海境内长10.3km，设站2座，两站距离7.9km.沿线设置唐家湾、淇澳2个车站。途中，唐家湾站与广佛江珠城际线接驳。
6. 江珠城际线(广佛江珠)：(珠海到江门)
线路在珠海境内长4 6 .1 k m，设站6座，平均站间距8.3km.途中与珠斗城际在新青站换乘，与3号线在红旗站换乘，在珠海机场站与珠海机场城际换乘。
城市轨道线

线路走向
R1线:
香洲港=>人民东路=>柠溪路=>翠微东路=>前山=>粤海路=>港珠澳大桥商贸岛=>港珠澳大桥联检岛；
R2线：
梅华路=>迎宾北路=>柠溪路=>九洲大道=>粤海路=>拱北=>湾仔=>十字门=>下湾=>莲花；
R3线：
市政府=>明珠=>中山坦洲=>灯笼沙=>白藤湖=>富山；
R4线：
珠海机场=>金湾=>白藤湖=>斗门=>龙西。