1940年秋，复旦渝校建立农学院。 1941年，改为“国立复旦大学”。 1946年，学校迁回上海江湾原址。 1949年，学校设立文、 理、法、商、农五院20多个系（科）。鲁迅、郭沫若、邹韬奋、老舍、竺可桢、马寅初等著名学者曾到校演讲或任教。 1950年，复旦大学的海洋系并入山东大学，暨南大学的文、法、商三 毛泽东为复旦大学题写校名 院，同济大学的文、法两院，以及浙江大学、国立英士大学的部分系科并入复旦大学。 1952年秋，复旦大学的法学院、商学院、农学院调出，分别成立了华东政法学院、上海财经学院和沈阳农学院（即沈阳农业大学）；而华东地区的浙江大学、交通大学、南京大学、安徽大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、震旦大学、（上海）大同大学、光华大学、大夏大学、上海学院、中华工商高等专科学校、中国新闻高等专科学校等高等院校的文、理科有关院系并入复旦大学，学校由应用学科见长的高校变为文理综合大学 ，在解放初期享有“江南第一学府”的美誉。 二十世纪80年代以后，复旦逐步发展成为一所人文科学、社会科 复旦大学 学、自然科学、工程科学以及管理科学在内的高水平研究型大学。 1995年复旦大学90周年校庆，江泽民主席为复旦题词：面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。 2000年4月27日，上海医科大学与复旦大学合并，成立新的复旦大学。上海医科大学与复旦大学强强合并，进一步拓宽了复旦大学的学科结构，为建设国际一流的综合性大学的发展目标奠定了坚实的基础。 2005年百年校庆，国家主席胡锦涛发来贺信，贺信中称复旦大学是“由中国人自主创办的第一所大学”。 全国人大常委会委员长吴邦国参加校庆大会并致词。国家邮政总局发行复旦百年校庆纪念邮票，这是继北京大学百年校庆后中国第二次为一所大学百年校庆发行邮票。2006年，“复旦” ，被评为上海市著名商标； 2007年，“复旦”商标（包括“复旦”二字和图形标识）被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标（教育类），复旦因此成为继清华之后，中国第二所获此殊荣的高校。东京大学只接收以优异成绩毕业于中国北京大学，复旦大学，清华大学，并由该大学校长推荐的学生到该校就读大学院硕士课程及专业学位课程，给予ADK中国育英基金奖学金，主要目的在于协助培养中国各个领域的下一代领导人材。