汉高祖六年（前201年）始置县，西汉属豫章郡，县治溢浆溪。莽新隶九江郡。东汉复为豫章郡。兴平二年（195）孙策分豫章郡置庐陵郡，赣县属之。三国吴嘉禾五年（236）分庐陵郡置南部都尉，赣县属之。同年析赣县地置平阳县（太康元年改名平固县）。
西晋太康三年（282）改南部都尉为南康郡，赣县隶南康郡。太康十年（289）县治徙葛姥故城（今章贡区水东一带）。
东晋永和五年（349），郡、县治徙章贡二水之间（今赣州市区）。刘宋改郡为国，赣县属南康国。齐复南康郡，梁、陈因之。陈时，赣县与南康县互易其名。大业元年（605）互复原名。开皇九年（589），改南康郡为虔州。同年平固县归并赣县。至隋、唐，赣县均属虔州。
五代杨吴属百胜军。南唐改昭信军。
宋开宝八年（975）复称州，赣县仍属虔州。太平兴国七年（982）析赣县7个乡（原平固县地）置兴国县。绍兴二十三年（1153）取章贡二水合流之义改虔州为赣州，赣县属之。
元属赣州路。明、清属赣州府。
民国先后属直隶省或属赣南道、第十一行政区、赣南专区及第九、第四行政区。
1949年8月14日赣县解放，析赣州镇置赣州市，赣县先后属赣南行政区、赣州专区、赣州地区、赣州市。
1969年7月县治由赣州市迁至梅林现址。