南沙中心医院西邻虎门高速公路及蕉门水道，紧靠南沙环岛西路，北邻广州地铁4号线金洲总站。医院总占地面积10.05万平方米，建筑工程分三期进行，一期建筑面积为30000平方米，二期建筑面积为65000平方米，三期为预留发展用地。现已完成的一期工程，建筑面积为3万平方米，设置床位100张。南沙中心医院二期工程已于2012年12月18日开工，预计与2014年10月交付使用，包括13层住院楼及5层医技楼，将开设床位800张。二期后续工程拟新建4栋建筑：住院楼、科教行政宿舍楼、职工饭堂、体检康复中心，局部改造门诊综合楼、公共卫生应急大楼。三期为远期发展预留用地。

医院现开设内科、外科、妇科、产科、儿科、急诊科、危重医学科、麻醉科、中医科、康复科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、医学影像科、医学检验科、临床药学科等17个专业科室。拥有医务人员274人，其中正高职称5人、副高职称12人、中级职称32人；博士6人、硕士55人，博士生导师2人、硕士生导师3人；技术骨干及管理人员均为广州市第一人民医院派驻，医院信息系统以专用光纤与广州市第一人民医院直接联网，拥有雄厚的医疗运营力量支持。医院配有价值近5700万元人民币的先进医疗设备和精密仪器。

南沙中心医院现已成为广州市公费医疗、广州市医保、南沙区公费医疗、南沙区新型农村合作医疗的定点医院，是广州亚运会南沙区唯一的一所亚运会定点医疗机构，圆满完成了广州第16届亚运会的医疗保障任务。医院现已初步建设成为区域性诊疗中心。2011年10月，中心医院与澳门科技大学结成合作伙伴，以色列在我国首个低碳环保科技示范点也设在中心医院。特色专科有：创伤外科、消化内科、皮肤科、儿科、中医科、影像科、检验科、体检中心等。