福建航海教育滥觞于华侨领袖陈嘉庚先生1920年创办的集美学校。1952年9月，福建私立集美水产商船专科学校与厦门大学航务专修科合并成立福建航海专科学校，1953年合并至大连海运学院，1958年，集美学村恢复航海教育，成立厦门市私立集美航海学校，1973年，撤销厦门大学航海专业，复办集美航海学校。1978年底，学校更名为集美航海专科学校。1989年5月更名为集美航海学院。1994年10月，集美学村原集美航海学院、厦门水产学院、福建体育学院、集美财经高等专科学校、集美师范高等专科学校五所高校合并组建为集美大学，学校更名为“集美大学航海学院”。

学院拥有国内先进的航海雷达模拟器、大型船舶操纵模拟器、 GMDSS 模拟器和水上训练中心，实验室总面积约 6000 平方米，实验设备总资产3500 多万元。通过校企合作的方式，建立了稳定的海上实习基地（四艘4--8万吨级实习船：华光、清华山、玉龙山、昆仑山）。 学院拥有国家级实验教学示
范中心建设单位一个及福建省船舶与海洋工程重点实验室一个。
学院设有航海技术、交通运输（国际航运管理方向）、物流管理三个本科专业和“交通信息工程及控制”硕士点，全日制在校生近2400人。航海技术专业以培养专业思想稳定、纪律严明、踏实肯干并具有较强的岗位适应能力的高级航海技术人才为主要目标，学生实行半军事化管理。交通运输专业（国际航运管理方向）依托航海技术专业的办学优势，立足航运，侧重国际航运管理，培养能胜任港航企事业单位管理的高级应用型人才。物流管理专业顺应物流业快速发展的需求，培养能胜任现代物流管理的高级应用型人才。