该镇靠山面海，山环水绕，天然形成，是一个既有山水又有肥沃土地的好地方。

该镇位于东经113.4度，北纬22.8度，东临狮子洋，与东莞市隔海相望；南与横沥镇以蕉门水道为界；西与番禺区的鱼窝头镇以骝岗水道为界，北与番禺区的石楼镇以莲花山水道为界。珠江流域的八大出海口中，有虎门、蕉门流经镇域而过。

南沙区黄阁镇全景 州水路进出的咽喉。黄阁镇全镇丘陵山地占镇总面积的13%，水域面积占总面积的27%，平原占总面积的60%，总体分布是“一山三水六平原”。

该镇属于亚热带海洋性季风气候，1月平均气温12-13℃，7月平均气温32℃，全年最高气温39℃，最低气温3-4℃，年平均降水1500毫米。夏秋季受台风影响较大，光照充足，雨量充沛，气候较为湿润。

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