女,清光绪二十七年十一月十三日（1901年12月23日）出生于鼓浪屿。光绪三十二年入鼓浪屿蒙学堂。宣统三年（1911年）入鼓浪屿厦门女子师范学校。民国10年（1921年）,考入北京协和医科大学，民国18年毕业,获医科学士学位及美国纽约州立大学医学博士学位。是年7月受聘为协和医院妇产科住院医师。民国21—22年被选派赴英国伦敦医学院和曼彻斯特医学院进修。民国28年赴美国芝加哥医学院进修。她知识渊博,临床经验丰富,科研成果为美国医学界所瞩目，被授予“美国自然科学荣誉委员会委员”证书。进修期满,她谢绝美方的挽留,次年回国,成为协和医院第一位中国籍女科主任。民国31年1月，协和医院因被日军侵占而停办,她在北京东堂子10号开设“林巧稚诊疗所”，其收费低廉,见到穷困人家不仅免收诊费,还掏钱给病人买营养品。诊所创办6年,除出诊外,仅门诊就填写了8800份病历。民国37年5月协和医院复办,她被聘为妇产科主任、教授。

新中国建立后被任命为协和医院妇产科主任、教授。1955年6月当选为中国科学院学部委员。1956年7月当选为中国医学会副会长。1959年被任命为中国医科大学副校长、中国医学科学院副院长。曾当选第一至第五届全国人大代表、第三至第五届全国人大常委、第三届全国政协常委、北京市政协副主席、第四届全国妇联副主席。

她医德高尚，医术精湛，把毕生精力无私地奉献给祖国医疗科学事业。她没有儿女，却亲手迎接5万多个小生命来到这个世界，被荣称为“万婴之母”。她是中国妇产科学的开拓者之一，富有妇产科临床经验，擅长于疑难病例的诊断与处理。她早年对“胎儿宫内呼吸”和“女性生殖道结核”进行过研究。新中国建立后开始对滋养细胞肿瘤的发生、发展规律进行研究，以后又指导绒毛膜上皮癌的研究，在滋养细胞肿瘤的化疗方面取得重要成果，受到国家奖励。她还对妇科盆器结核进行过深入研究，曾负责组织北京地区子宫颈癌的普查和防治。

1983年4月22日，林巧稚逝世于北京协和医院。首都各界近千人到八宝山革命公墓追悼她。全国妇联主席康克清主持追悼大会，予以极高评价。厦门人民在鼓浪屿建“毓园”纪念她，园中有其塑像和生平事迹陈列馆。

其主要研究论文有：《从病理检查和尿内绒毛促性腺激素定量试验讨论子宫绒毛膜上层癌的预后》、《北京市88998居民的地区子宫颈癌普查结果初步报告》、《24例良性葡萄胎及恶性葡萄胎转移的研究》、《葡萄胎和绒癌尿内绒毛促性腺激素的测定》以及《老性葡萄胎85例诊断及预后的探讨》等。主编《妇科学进展》、《妇科肿瘤病学》等学术专著及《家庭卫生顾问》、《农村妇幼卫生常识问答》、《育儿百科全书》等科普读物。