医学院具有５０多年的办学历史，是一所在全国首批设置妇产科学专业、率先招收中西医结合专业、四年制护理学本科专业的医学院，也是迄今在全国唯一开设临床医学皮肤性病防治专业方向的医学院。自１９８９年以来，学院成为卫生部皮肤性病防治人才培养基地、司法部监狱管理医学和罪犯心理矫治等人才培训基地、劳动和社会保障部国家职业技能鉴定中心和司法部监狱管理局心理咨询师培训基地。
医学院现设临床医学(含妇产科学专业方向，皮肤病学与性病学专业方向)、中医学(中西医结合专业方向)、护理学、药学(临床药学方向)等六个本科专业和方向，其中临床医学和中医学专业学制５年，护理学、药学专业学制４年。从２００６年起，临床医学专业开始招收学制５年的外国留学生。设有中西医结合临床博士点，人体解剖与组织胚胎学、生理学、免疫学、病理学和病理生理学、药理学、内科学、外科学、妇产科学、皮肤性病防治学、影像与核医学、中药学、中西医结合基础和临床等１３个硕士学位点。其中中西医结合临床为省级重点学科，中药学、免疫学、内科学、外科学、人体解剖与组织胚胎学、生理学、病理与病理生理学为校级重点学科。目前学院有全日制本科学生和硕士研究生２２５４人，在校外国留学生３６名。
医学院设有临床医学系、中医学系、护理学系、药学系和基础医学部，拥有基础医学教学实验中心、临床医学教学实验中心、一个药学综合教学实验室，共有３３个教研室及。拥有江苏省苏北人民医院、扬州市第一人民医院等四所临床医学院；还有３０余所教学实习医院。
学院重视科学研究，科研机构设有：扬州大学医药研究中心、扬州大学中西医结合研究所、扬州市病理研究中心、肿瘤免疫研究室、抗炎免疫研究室、神经解剖学研究室、天然药物研究室、电生理研究室、毒理研究室。近几年共承担国家自然科学基金项目、省重大招标项目等课题３０余项，取得了一批高水平的科研成果，产生了显著的社会效益和经济效益。学院设有《实用临床医药杂志》编辑部，该杂志为全国公开发行的核心学术期刊，影响因子０．３５６，２００６年获教育部“首届中国高校优秀期刊奖”。
建校以来，已为国家培养各类高中级医疗卫生人才１００００余人，遍及全国各地。学院毕业生以求知欲强，基础理论扎实，实践能力较强，作风朴实而受到用人单位好评，其中一大批成为医疗卫生行业的骨干力量，根据国家医学考试中心的反馈信息，该院２００４届毕业生参加全国职业医师资格考试，通过率超全国平均通过率４个百分点，标志着学院本科教育水平达全国医药院校中上水平。全国优秀共产党员、劳动模范、白求恩奖章获得者、被誉为“白衣圣人”的吴登云同志，是学院优秀毕业生的杰出代表。
3.21 经济学院
经济学院设有经济学、财政学、金融学、国际经济与贸易及中澳合作办学国际经济与贸易(国际商务)专业、农林经济管理五个本科专业，有产业经济学、劳动经济学、区域经济学、农林经济管理四个硕士点，经济学专业为江苏省特色专业建设点，国际经济与贸易专业为校特色专业建设点，产业经济学、劳动经济学、区域经济学和农林经济管理为校级重点建设学科。江苏省苏中发展研究院、扬州大学经济研究所等科研机构挂靠我院。学院先后与澳大利亚、德国、美国、香港、台湾等多所高校建立了学术联系。
全院现有教职工８５人，其中教授７人、副教授２２人、讲师４３人。专任教师中，博士２１人、硕士３９人，３５岁以下青年教师具有硕士以上学位比例为９６％。现有全日制在校本科学生１６００余人，研究生１００余人，成人教育学员１０００余人。学院教学设施齐全先进，拥有国际贸易实验室、金融实验室和语音综合实验室以及一批教学科研实习基地。院资料室资料丰富，专业类中外期刊３５０余种。
学院围绕培养具有创新精神和实践能力的高素质经济管理类人才的目标，坚持“市场化”、“实践化”、“国际化”的办学理念，注重吸收现代高等教育的思想、观念、模式和方法，努力强化学生在校期间的综合素质特别是创新精神与实践。在教学计划安排上，按照完全学分制的要求，优化整合课程体系和课程内容，打通各专业的公共基础课和专业基础课，同时确定了若干门专业选修课和任意选修课。学生的培养质量不断提高，一批学生在全国“挑战杯”大学生课外科技作品竞赛、创业计划大赛等重要活动中多次取得好的成绩。毕业生就业率多年来稳定在９０％以上。
“十一五”期间，学院将以科学发展观为统领，面向市场、面向世界、面向未来，发挥比较优势，不断提升学院的核心竞争力；以培养具有创新精神和实践能力的高素质的复合型经济管理类人才为根本目标，切实加强教风与学风建设、师资队伍建设和专业建设，不断提高人才培养质量，以学位点建设为导向，进一步提升科研和学科建设水平，努力实现跨越式发展，为建设“国内有地位，国际有影响的高水平教学研究型地方财经学院”而奋斗。
3.22 管理学院
管理学院现设有工商管理、人力资源管理、市场营销、电子商务、会计学、财务管理、行政管理、公共事业管理等８个本科专业。其中“工商管理”本科专业为省特色专业、校品牌专业；“会计学”为校特色专业；“电子商务”、“行政管理”为院特色专业。学院有企业管理、农业经济管理、技术经济管理三个硕士点与公共管理硕士(ＭＰＡ)、“会计学”中职会计等专业学位点。“企业管理”、“技术经济与管理”为校“十一五”期间重点建设学科。