作物栽培学与耕作学
本学科源建于1902年著名实业家、教育家张謇先生创办的江海农学堂。上世纪60年代开始招收研究生，1981年获硕士学位授予权，1998年获博士学位授予权，2000年获作物学一级学科博士学位授予权，2003年获准设立作物学博士后流动站。1986、1994、2001年相继被确定为江苏省重点学科，2006年被评为国家级重点学科。其中，农产品质量安全及其控制方向还于2005年被遴选为江苏省重点（交叉）学科。1996年以来，一直为中国作物学会栽培专业委员会挂靠单位。
上世纪80年代以来，本学科在著名作物栽培学家凌启鸿教授等前辈带头人领导下进行了一系列开创性工作，先后创立了作物叶龄模式、作物群体质量、源库调控等栽培理论与技术，发展了中国特色的作物栽培学（以上成果已成为本科统编教材的重要内容，《作物群体质量》专著被教育部确定为全国研究生用书），为我国作物生产发展做出了重大贡献，先后获国家科技进步二等奖4项、三等奖3项。
进入新世纪，本学科在现任带头人张洪程教授带领下，积极开展学术创新、拓展学科领域、深化基础研究、加强应用开发，形成了作物栽培耕作新技术新理论、作物栽培生理、作物环境生态、农产品质量安全及其控制等4个学科方向及具有强劲攻坚能力的创新团队。
本学科形成了以中青年学术带头人为骨干的具有强劲攻坚能力的学科梯队，现拥有江苏省作物栽培生理重点实验室、江苏省作物遗传生理国家重点实验室培育点与农业部长江流域稻作技术创新中心等科研平台，校内外基地配套，教学科研条件处于国内一流水平。2001年至2006年，共承担国家、省部级等各类科研项目179项，累计科研经费5890万元，其中，国家级科研经费占63%；发表学术论文489篇（其中SCI收录42篇，影响因子5以上3篇），出版专著13本；获国家科技进步二等奖1项，省部级科技进步一、二等奖12项；作物精确定量栽培、优质无公害生产与轻简栽培技术等重大成果得到大面积示范推广，增加社会经济效益148亿元。招收博士生70名、硕士生186名，先后获省部级教学成果奖12项、江苏省优秀博士论文3篇、全国优秀博士论文提名奖1项。人才培养质量不断提高。
预防兽医学
扬州大学预防兽医学硕士点为是国家重点学科、江苏省首批建设的省级重点学科、农业部重点学科。拥有农业部畜禽传染病学重点开放实验室、江苏省动物预防医学重点实验室、江苏省人兽共患病学重点实验室、江苏省产学研联合培养研究生示范基地、教育部新型疫苗工程研究中心、江苏省转基因制药工程研究中心。现有教授13名，副教授21名。学科带头人为全国政协委员、著名的动物传染病学专家刘秀梵院士。经过数十年的发展，形成了务实、严谨、勇于进取的学风，造就了一个训练有素、思想活跃的学术群体。
本学科点承担了国家“863”、国家“973”、国家自然科学基金、国家攻关、霍英东基金和国际合作等科研项目。在鸡法氏囊病、禽流感、新城疫、马立克氏病和沙门氏菌病等研究方面取得了具有国际先进水平的成果30余项，获部省级以上科技进步奖近20项，部分成果已在生产上得到广泛应用，产生了巨大的社会效益和经济效益。
本学科点具有培养预防兽医学高级研究人才和管理人才的能力。对研究生的培养严格按照部颁要求，注重实践环节；高标准，严要求，瞄准世界先进水平。现已培养获得相应学位的博士生60余名，硕士生150余，在校博士生达40余名，硕士生达150余名。已获得全国优秀博士论文奖两篇，全国优秀博士论文提名奖1篇。为我国农业战线培养了一大批预防兽医学的高层次专业人才。1990年被国家教委、国家科委授予“全国高等学校先进科技集体”荣誉称号，1992年被江苏省教委授予“实验室先进集体”荣誉称号，2007年9月，该学科点再次被国家人事部、教育部联合表彰为“全国教育系统先进集体”。扬州大学瘦西湖校区
本学科点一贯坚持“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。研究风气浓厚，学术交流活跃。与美国农业部禽病与肿瘤研究所、美国国立卫生研究院（NIH）、美国Baylor医学院、美国阿拉巴马大学、美国密西根州立大学、加拿大Queen’s大学、法国巴斯德研究所、英国动物卫生研究所、中国农业大学、中国农业科学院、农业部动物检疫所、军事医学科学院、南京农业大学等20多个国内外学术机构建立了长期协作关系。每年都有计划地邀请国内外知名学者来校讲学或合作研究。同时也派遣科技人员到国内外参加学术会议和合作研究。本学科点还设有开放课题基金，用于来自外单位与本学科点研究方向相关的课题资助。
动物遗传育种与繁殖学（国家重点培育学科）
扬州大学动物科学与技术学院动物遗传育种与繁殖学博士点学科为江苏省重点学科；江苏省高校国家重点学科培育建设点；国家重点(培育)学科。依托本学科建有江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室，江苏省产学研联合培养研究生示范基地。作为畜牧学一级学科博士学位授权点和畜牧学博士后流动站的强势学科，学科建设得到了长足发展，取得了一批标志性成果。京海黄鸡选育及其分子标记的研究长期以来，学科坚持理论联系实际，采用现代育种技术和先进的测试手段，成功培育出小型优质肉鸡新品种——“京海黄鸡”，并于2006年通过江苏省畜禽品种审定委员会审定，2007年列入江苏省主推优质肉鸡新品种。“优质肉鸡新品种京海黄鸡高技术产业化示范工程”获2007年国家发展改革委员会生物育种专项资助；研究成果在外文刊物上发表论文39篇，其中SCI收录6篇。新扬州鸡选育及保种历经24年的精心选育，成功培育了蛋肉兼用型三黄鸡新品种“新扬州鸡”，于1983年经江苏省审定通过。1988年列入“中国家禽品种志”，2000年列入“世界家禽品种志”。先后荣获江苏省农业科技改进二等奖和江苏省人民政府开发苏北科技二等奖。