济宁医学院前身是创建于1952年的山东省济宁医士学校，1958年改为济宁医学院，招收第一届本科生；1959年改为济宁医学专科学校；1987年1月，经原国家教育委员会批准，更名为济宁医学院；2008年4月学校以“优秀”成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。

009年11月8日举行济宁医学院济宁北湖新校区奠基仪式，新校区坐落在济宁市北湖生态新城西南部，规划占地总面积137.1公顷（2056亩），其中医学院教学区占地52.39公顷（786亩），附属医院分院占地23.15公顷（347.6亩），济宁医学院、附院职工生活区占地39.17公顷（587亩），医学院发展用地22.39公顷(336亩）。规划建筑总投资18.1045亿元，其中济宁医学院新构教学区规划建筑面积201660平方米，总投资3.8245亿元；济宁医学院附属医院分院，规划建筑面积150000平方米，总投资5.78亿元；济宁医学院、附院职工宿舍规划建筑面积323000平方总投资8.5亿元。

学校现有15个教学院系部：临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、信息工程学院、药学院、管理学院、法医学与医学检验学院、口腔医学系、医学影像系、生物科学系、社会科学部、外国语教学部、继续教育学院。开设临床医学、临床医学（精神病与精神卫生方向）、中西医临床医学、康复治疗学、法医学、预防医学、食品质量与安全、护理学、医学检验、口腔医学、医学影像学、应用心理学、生物技术、生物工程、药学、中药学、药物制剂、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、生物医学工程、软件外包、物联网工程、市场营销、公共事业管理、劳动与社会保障、英语等35个本科专业和专业方向。

其中，职业卫生与环境医学实验室、行为医学实验室为山东省重点实验室。学校的“预防医学”专业为国家级特色专业；“预防医学”和“精神医学”专业为省级特色专业，“临床医学”专业为山东省省级教学改革试点专业。病理学与病理生理学、神经病学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学为山东省重点学科；学校现有行为医学、心血管疾病诊治、职业卫生与环境医学等省级重点实验室。有山东省行为医学教育研究所、心血管诊疗中心、神经生物学研究所等20多个研究机构。

学校先后被授予山东省“省级文明单位”、“省级文明校园”、“山东省德育工作优秀高校”、“全国大中专学生三下乡社会实践活动先进单位”等荣誉称号。

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