水城门清真寺始建于清朝同治初年，因地处东关水城门口而得名。当年的清真寺占地面积很广，有9间礼拜大殿及十六间平房作为阿訇宿舍、满拉宿舍、教室、水塘、煤房、伙房。1958年宗教改革时，寺院被西宁市城东区铅丝社占用，直到1980年才将寺院部分房屋归还给清真寺。
            1983年重建，新修了礼拜大殿，二层共十四间房屋及两座唤醒楼，北建砖混结构三层楼一栋，东建砖混结构二层楼房一栋，南建砖混结构二层楼房一栋和土木结构平房二间。整个清真寺采用了传统的中国古典式建筑风格，大殿古朴典雅、宏伟壮观。唤醒阁为5层楼高仿古建筑，与大殿整体风格相呼应！

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